ヨーロッパの深い森に囲まれた、美しい湖の畔にたたずむ古城ウォザーブルグ。ここは千年の長きに渡り、魔法使いの学舎として、そしてモンスターハンターの養成所として多くの人材を輩出してきた、魔法学園だったのです。
主人公はその魔法学園の創設者の家系である名門クライトン家の、しかし傍流の末席に過ぎない家に生まれた少年。両親も早くに亡くなり、路頭に迷ってもおかしくないところを、男子には珍しいハンターとしての能力の片鱗が認められ、本家へと引き取られました。
クライトン本家には双子の娘がいました。活発で負けず嫌いな姉はハンターの才能には余り恵まれていませんでした。物静かで病弱な妹は、その内に秘めた過剰な魔力のために健康はおろか、命までも蝕まれていました。そんな二人に兄と慕われ、穏やかな時を過ごす主人公。しかし妹の病状は改善に向かうことはなく、やがて治療のために遠くの施設へと引き取られてゆくのです。
時は過ぎ、残された男の子と女の子は逞しく成長しました。そして、二人して同じ目標を持ったのです。魔法学園で学び、妹の病気を治してまた3人で仲良く暮らすのだと。
新入生達を乗せて魔法学園へと向かう汽車。しかし、突然の事故で汽車は脱線し、新入生たちは魔物に満ちた夜の森へと放り出されてしまいます。
果たして主人公は、無事魔法学園へとたどり着くことが出来るのでしょうか。