MS-06S 指挥官用型扎古Ⅱ（ZakuⅡ Commander Type）是以MS-06F扎古Ⅱ为基础专门为中队指挥官以上的王牌驾驶员制造的机体。在技术改进方面，主要提高了推进剂的燃烧效率、制御系统的控制效率以及通信系统等。燃烧效率的提高不仅使机体的推力较普通的F型上升了30%，而且也提高了燃料的装载量。该型机生产了100架左右，驾驶员中最为著名的当属“赤色彗星”夏亚·阿兹纳布尔等。