1匹だけメガニューラに変態しないまま、水没した渋谷の湖底深くに眠っていた巨大メガヌロンへ、ゴジラのエネルギーを吸収した全メガニューラが自らの命と引き換えにエネルギーを供給したことにより、変異したのがメガギラスである。これはメガニューラの生態の特徴であり、究極の戦闘態であるメガギラスは周囲の敵を倒しながらテリトリーを広げる習性があるといわれるため、障害となるゴジラを倒すべく襲いかかる。

飛行中は羽根で飛んでいるようには見えないほどの挙動で瞬間移動したかのようにすら見えるため、ゴジラも当初は翻弄される。前述の翅を高速で超振動させて発生させる超高周波と、前部のはさみ状の腕、針のついた尻尾が武器。尻尾の針は相手に突き刺すことにより、エネルギーを吸収できる。これによってゴジラの放射熱線の放射を止め、さらに吸収したエネルギーを光球として撃ち出すことも可能である。

お台場のフジテレビ本社に隣接する空中庭園ビル（架空の建物）の前にてゴジラと交戦し、高速移動や飛行能力で翻弄して放射熱線も俊敏な動きで回避してみせる。ゴジラの鋭利な背びれで左手を切断され、さらにハイジャンプからのボディプレスなどの反撃を受けつつも終始優勢に戦いを進めるが、ゴジラの頭部に尻尾の針を突き刺そうとした際に逆襲されて噛み砕かれ、弱体化してしまう。最後はゴジラに放射熱線を浴びせられて炎上し、続け様に放たれたその2射目によって墜落・爆散する。

劇中では、中国の奥地でその化石が発見されている。