Река Енисей се образува от сливането на рекитеМалък Енисей (615 km, лява съставяща) иГолям Енисей (605 km, дясна съставяща), на 619,5 m н.в., при градКизил, столицата наРепублика Тува.
Горното течение на Енисей обхваща участъка от образуването на реката при 3487 km до градСаяногорск в Минусинската котловина, при 3013 km – 474 km. На протежение от първите 188 km реката тече на запад под името Горен Енисей (Улуг Хем) в пределите на северния борд на Тувинската котловина. Руслото ѝ на много места се разделя на ръкави и изобилстват бързеи и теснини, като ширината му се колебае от 100 до 650 m, а дълбочината от 4 до 12 m в тесните и дълбоки части и до 1 m в бързеите и плитчините. След устието на левия си приток река Хемчик (Кемчик) Енисей завива на север и на протежение от 290 km прорязва системата от хребети на планинатаЗападни Саяни. Тук реката тече в тясна долина, на места каньоновидна с ширина до 100 m, а руслото ѝ изобилства от много прагове (Голям, Дедушкин, Джойски и др.) и бързеи. Близо до устието на река Казирсук (десен приток) се намира най-опасния и непреодолим за корабоплаване Голям праг (дължина 320 m, денивелация от 2 до 6 m, скорост на течението 6 – 8 m/s). След Големия праг се намират широки и дълбоки (до 20 m) езеровидни разширения. След изграждането на голямото Саяно-Шушенсководохранилище тези прагове и теснини са завирени и не представляват пречка за корабоплаването.
Средното течение на реката се простира от градСаяногорск в Минусинската котловина, при 3013 km до устието на рекаАнгара при 2137 km – 876 km. В началото на този участък Енисей тече през Минусинската котловина, като долината ѝ се разширява и в коритото ѝ се появяват множество острови. След устието на левия приток рекаАбакан долината става още по-широка (до 5 km), руслото – над 500 m, а скоростта на течението намалява до 2 m/s. След устието наАбакан реката навлиза в Красноярското водохранилище (дължина 360 km), преградната стена на което се намира при градДивногорск,Красноярски край, където Енисей проломява северозападната част на планинатаИзточни Саяни. След изтичането си от водохранилището, до градКрасноярск долината на реката е тясна, със стръмни, на места с отвесни скалисти брегове, т.нар. „Стълбове“. Между Красноярск и устието наАнгара долината на Енисей отново се разширява, реката изгубва планинския си характер, но в руслото ѝ все още се срещат подводни прагове, продължения на Енисейското възвишения (рус. Енисейски кряж), разположено покрай десния ѝ бряг. Най-големият от тези прагове е трудно проходимият Казачинския праг при село Казачинское с дължина около 4 km, денивелация 3,8 m и ширина на коритото 550 – 600 m, вместо обичайните 800 – 1300 m.
Долното течение на реката започва от устието на рекаАнгара и е с дължина 2137 km. В този участък характера на долината и руслото на Енисей рязко се променят. Десният бряг остава висок и стръмен, а левият нисък и с голяма заливна тераса. Ширината на реката надминава 2 km, дълбочината се увеличава до 10 – 17 m, а скоростта на течението намалява до 0,8 – 1,1 m/s. След устието на рекаДолна Тунгуска ширината на долината достига 40 km, при градДудинка и село Уст Порт до 150 km, ширината на руслото 2,5 – 5 km, а минималните дълбочини по цялото долно течение се колебаят от 5 до 8,5 m. Преди устието на рекаПодкаменна Тунгуска Енисей отново проломява Енисейското възвишения (рус. Енисейски кряж), като образува Осиновския праг. Тук дълбочината пада до 2,5 m, а скоростта на течението се увеличава до 2 – 3 m/s. След прага реката преминава през тясно и скалисто дефиле, като тук ширината ѝ е едва 740 m, а дълбочината нараства до 60 m. След устието на река Долна Тунгуска преобладаващите дълбочини са от 14 до 20 m, а след Дудинка – нараства до 20 – 25 m. Руслото се разделя на множество ръкави с острови между тях, които достигат дължина до 20 km.
След устието на рекаКурейка (десен приток), където са усещат морските приливи, започва устиевият участък на Енисей. За устие на реката се приема отвора (ширина 12 km) разположен южно от нос Сапачна Карга. След село Уст Порт започва делтата на Енисей. В района на Бреховските острови руслото на Енисей се разделя на множество протоци, най-големи от които са ръкавите: Охотски Енисей, Каменен Енисей, Голям и Малък Енисей. Общата ширина на този участък надхвърля 50 km. След това всичките ръкави на делната се събират в едно цяло и се вливат в южната част наЕнисейския залив наКарско море.
Водосборният басейн на река Енисей обхваща площ от 2580 хил. km2 и е вторият по големина водосборен басейн в Русия след този наОб и седми в света. Той има ясно изразена асиметрична форма, неговата дясна част е 5,6 пъти по-голяма от лявата част. Водосборният басейн обхваща крайните източни частиЗападносибирската равнина, западните части наСеверосибирска низина, югоизточната част на платотоПуторана, западните и южни части наСредносибирското плато, целитеСаянски планини (Източни и Западни Саяни), източните склонове наАбаканския хребет и планинатаАлтай, западната част на обширното Лено-Ангарско плато, западните части наЗабайкалските планини, северните части на планинатаХангай вМонголия и западните и северозападни части на планинатаХентей в Монголия. По-голямата част от водосборния басейн на реката са заети от планински и полупланински райони. Южните части се простират в района на степите, централните – в района на гъстите иглолистни гори (тайга), а северните попадат в зоната на лесотундрата и тундрата.
на изток – водосборния басейн на рекаЛена, вливаща се в Море Лаптеви;;
на югоизток – водосборния басейн на рекаАмур, вливаща се вОхотско море;
на юг – водосборните басейни на рекитеТес-Хем иКобдо, вливащи се в Котловината на големите езера вМонголия и други по-малки реки губещи се в пустинятаГоби;
на запад – водосборните басейни на рекитеОб иТаз, вливащи се вКарско море;
на северозапад – водосборните басейни на река Месояха и други по-малки, вливащи се в Карско море.
Общо във водосборния басейн на реката (в пределите на Русия) има над 198 620 реки с обща дължина 884 754 km, а езерата са 126 364 и заемат площ от 51 835 km2. Самата река Енисей получава 33 притока с дължина над 200 km, като 21 от тях са дължина от 201 до 500 km; 9 с дължина от 501 до 1000 km и 3 притока с дължина над 1001 km. По-долу са изброени всичките тези 33 реки, за които е показано на кой километър по течението на реката се вливат, дали са леви (→) или десни (←), тяхната дължина, площта на водосборния им басейн (в km2) и мястото, където се вливат.
Река Енисей се отнася към типа реки със смесено подхранване с преобладаване на снежното (малко над 50%), дъждовно 36 – 38% и подземно до 16% в горното течение, а в долното намалява. За голяма част от течението на реката е характерно „разтегнато“ пролетно пълноводие и летни епизодични наводнения и зимно маловодие. За горното течение пролетно-лятното пълноводие е много продължително. В горното течение то започва през май, а в отделни години през април, в средното малко по-рано, а в долното от средата на май или началото на юни. Колебанията на речното ниво в горното течение са 5 – 7 m в широките участъци и 15 – 16 m в тесните, в долното течение достигат до 28 m, а към устието се намаляват до 11,7 m (при село Уст Порт). Замръзването на реката започва от долното течение в началото на октомври, в средното – в края на октомври, а в горното – в края на ноември или началото на декември. Размразяването на реката започва от горното течение в края на април, след това в средното – през първата половина на май и накрая в долното – в началото на юни. Поради това че размразяването на Енисей започва от горното течение и постепенно слиза към долното, което все още не се е размразило, се наблюдава натрупване на огромни количества ледове, които задръстват големи участъци по средното и долното течение на реката и тя причинява големи наводнения. Среден годишен отток приКизил 1009 m3/s, приСаяногорск 1484 m3/s, при Красноярската ВЕЦ 2723 m3/s, приКрасноярск 2864 m3/s, приЕнисейск 7724 m3/s, при устието наПодкаменна Тунгуска 10 768 m3/s, приИгарка 18 395 m3/s (максимален 154 000 m3/s), в устието 19 800 m3/s. Общия годишен воден отток на Енисей възлиза на 624 km3 и по този показател реката заема първо място сред реките наРусия.
Средномесечен отток на река Енисей (в m3/s) в хидрометрична станция Игарка за периода от 1936 по 1999 г.
По течението на реката са разположени стотици по-големи и по-малки населени места, в т.ч. 13 града, 9 селища от градски тип (посьолки) и 5 села районни центрове:
Река Енисей е важен транспортен път вКрасноярския край. Регулярно корабоплаване се извършва от устието да градСаяногорск (3013 km). Основните товаропотоци са между градоветеКрасноярск иДудинка. Главните пристанища и пристани са:Абакан,Красноярск, Стрелка, Маклаково,Енисейск,Туруханск,Игарка и Уст Порт. До пристанище Игарка се изкачват морски кораби. В района на преградната стена на Красноярското водохранилище е изграден уникален корабоподемник, който прекарва речните кораби от и във водохранилището. ВРепублика Тува реката също е плавателно, но за малки речни съдове, като основно пристанище е градКизил. По течението на реката се извършва и транспортиране на огромно количество дървен материал на салове.
На Енисей са изградени две големи водохранилища: Красноярско и Саяно-Шушенско. В основите на преградните им стени има мощни ВЕЦ-ове. Саяно-Шушенската Вец е най-мощната в Русия и 9-а в света. След строителството на двете водохранилища по течението на реката настъпват сериозни екологически последствия. Реката престава да замръзва в районите наСаяногорск,Дивногорск иКрасноярск поради изхвърлянето на топли отточни води от канализациите на тези градове. Климатът в района на водохранилищата става по-мек и по-влажен поради огромното количество вода събираща се в двете водохранилища. Освен това след завиряването на водохранилищата са залети големи площи обработваеми земи, унищожени са археологически паметници, биоценози и рибни ресурси и се налага преместване на множество населени места, които попадат в чашките на водохранилищата.
В района на градЖелезногорск действат два ядрени реактора за производство на плутониеви ядрени глави и обработената вода, която се използва за охлаждане на реакторите се изхвърля обратно в реката без пречистване, което довежда до радиационно замърсяване на Енисей.
По цялото течение на река Енисей са изградени 12 моста, от които 2 железопътни и 10 автомобилни:
