Дакладная дата заснаваньня Эмдэна невядомая, але горад існаваў з VIII стагодзьдзя. Гарадзкія прывілеі і герб гораду атрымаў ад імпэратараМаксіміляна I у 1495 годзе.
Царква ў Эмдэне, пабудаваная ў 1648 годзе.
У XVI стагодзьдзі Эмдэн нядоўга быў важным цэнтрам пратэстанцкайРэфармацыі, якую пашырала тут графіняГанна фон Альдэнбург, якая пастанавіла знайсьці рэлігійны «трэці шлях» паміжлютэранствам ікаталіцтвам. У 1542 годзе яна запрасіла польскага шляхцічаЯна Ласкага на пастарскі пасад пратэстанцкай царквы ў Эмдэне[4]. Ён цягам сямі гадоў распаўсюджваў новую рэлігію ваЎсходняй Фрызіі. Аднак у 1549 годзе пад ціскам імпэратараКарла V графіня была вымушана змусіць Ласкага зьехаць уАнгельшчыну.
У канцы XVI стагодзьдзя Эмдэн зьведаў пэрыяд вялікага росквіту. Праз блякадуГішпаніяй флямандзкіх і брабанцкіх партоў у пачаткуГаляндзкага паўстаньня Эмдэн стаў найважнейшым портам наПаўночным моры. Тысячы пратэстанцкіх уцекачоў прыбылі зФляндрыі і герцагстваБрабанту ў пратэстанцкі Эмдэн, каб пазьбегнуць перасьледу з боку гішпанскіх кіраўнікоў Нідэрляндаў. У гэты пэрыяд пераважна кальвінісцкі Эмдэн уступіў у канфлікт зь лютэранскімі графаміЎсходняй Фрысьляндыі.Эмдэнская рэвалюцыя ў 1595 годзе прывяла да таго, што места сталася асобным горадам-дзяржавай[5]. Пры падтрымцыГаляндзкай рэспублікі Эмдэн стаў вольным дзяржаўным горадам пад абаронай Галяндыі. Брабанцкі дыялект стаў афіцыйнай мовай гандлю і грамадзянскай адміністрацыі. Эмдэн быў вельмі заможным горадам у XVII стагодзьдзі, дзякуючы вялікай колькасьці нідэрляндзкіх ды флямандзкіх імігрантаў, як тоДыдэрыку Яншу Граэфу. У той час гэта быў цэнтар рэфармаванагапратэстанцтва.
У 1744 годзе Эмдэн быў анэксаваныПрусіяй. У 1752 годзеФрыдрых Вялікі заклаў Эмдэнскую кампанію дзеля гандлю зГуанчжоў. Кампанія была ліквідаваная, калі Эмдэн быў захоплены францускімі войскамі ў 1757 годзе ў часыСямігадовай вайны. Горад быў адбіты ангельска-нямецкімі войскамі ў 1758 годзе і да сканчэньня канфлікту выкарыстоўваўся брытанцамі ў якасьці асноўнай базы забесьпечаньня дзеля падтрымкі працяглай вайны ўВэстфаліі. За часамнапалеонаўскіх войнаў Эмдэн і прылеглыя землі Ўсходняй Фрызіі ўваходзілі ў склад Галяндзкага каралеўства.Індустрыялізацыя пачалася прыкладна ў 1870 годзе з будаўніцтва папяровай фабрыкі івэрфі.
У канцы XIX стагодзьдзя быў пабудаваны вялікі каналДортмунд—Эмс, які злучыў Эмдэн з Рурскім рэгіёнам. Гэта фактычна зрабіла Эмдэн марскім портам Руру, які праіснаваў да 1970-х гадоў. Вугаль з поўдня транспартаваўся ў порт Паўночнага мора, а імпартная жалезная руда перапраўлялася праз канал у бокРайну і Рура. У 1903 годзе была пабудаваная вялікая суднавэрф, якая працавала да 2010 году. За часамДругой сусьветнай вайны Эмдэн неаднаразова быў мішэньню бамбардаваньняў хаўрусьнікаў, якія пашкодзілі большую частку гарадзкога цэнтра. Каралеўскія вайскова-паветраныя сілы сваё першае бамбардаваньне спрычынілі 31 сакавіка 1940 году. Па вайне Эмдэн апынуўся пад часовай акупацыяй. 6 верасьня 1962 году, праз 18 гадоў пасьля налёту 1944 году, была афіцыйна адкрытая цяперашняя мэрыя Эмдэна.
Асноўнымі галіны прамысловасьці Эмдэну ёсьць аўтамабілебудаваньне і суднабудаваньне.Фольксваген кіруе буйным заводам, які вырабляе аўтамабільVolkswagen Passat і на якім працуе каля 10 тысяч чалавек. Эмдэнская гавань таксама ёсьць адным з трох галоўных партоў аўтамабільных перавозак у Эўропе. У 2017 годзе праз порт было імпартавана і экспартавана больш за 1,4 мільёнаў аўтамабіляў[6]. Вэрф Нордзээвэрке налічвае ў сваім штаце каля 1400 докераў, якія спэцыялізуюцца на будаваньні падводных чоўнаў. Кампанія таксама вырабляе розныя віды грузавых суднiнаў, а таксама караблі спэцыяльнага прызначэньня, як то ледаколы, землячарпальныя судны ды іншыя караблі. Іншым важным эканамічным сэктарам ёсьць турызм.