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新城賢太郎に要請され、死体遺棄事件の捜査に協力することになった室井慎次。そんなある日、自分の家の車庫が火事にあい、自分が官僚時代に着ていた服も全焼してしまう。警察官の乃木真守や、石津百男、長部音松に被害届を出すように言われたが、室井は被害届を出さなかった。そして、捜査協力で北大仙署に訪れた室井は、火災当日の室井の家付近の防犯カメラの映像を桜章太郎に見せられると、そこには火をつける日向杏の姿が写っているのだった。

その頃、室井が面倒を見ている森貴仁（タカ）は、思いを寄せている大川紗耶香を自分の家に誘うが、自分の母親の事件を彼女の父親が知っており、断られてしまう。そして、柳町凛久（リク）は市毛商店で販売している大好きなチョコレートを万引きしようとし、店主である市毛きぬに止められてしまう。リクは迎えに来た室井に「杏姉ちゃんにお菓子取っていい。」と言われたと告白する。

ある日、杏は室井の暗証番号付き金庫に入っている猟銃を取り出そうとするが、室井に見つかってしまう。室井は怒ることなく、一緒に一発銃弾を放った。杏は衝撃で手が震えてしまうのだった。

一方、捜査本部は当時の犯人グループ内で仲間割れが起こり、瀬川吉雄を殺害したと見て捜査を進めていた。室井が捜査協力で訪れている時、犯人からの電話が入電する。その声から室井は、レインボーブリッジの事件の犯人グループにいた国見昇だと気付く。すぐに警察は国見のいるマンションに突入し、国見の身柄を確保する。

その後、室井が海の近くで佇んでいると、新城がやって来た。新城は、秋田県警から室井が目指した所轄と本庁の連携し、共に捜査を行うというモデルを作ることを室井に報告した。そして、室井は国見が自供していないということを聞くのだった。

室井は北大仙署を訪れ、桜と共に国見がいる取調室へ向かう。仁狩英明管理官に止められるも、桜は沖田仁美に電話をかけ、沖田は室井を取調室へ入れることを命令する。室井は国見に、恩田すみれと杏の話をした。すみれは、国見に撃たれた傷の後遺症で苦しみ、警察を退職していた。杏は、自分の実の母である日向真奈美の洗脳に苦しんでいるのだ。そして室井は「事件によって苦しむ家族がいる。」と国見に語りかけ、国見は自白するのだった。それを見た桜は、これらの事件は日向真奈美に洗脳された者たちが起こした事件ではないか、と室井に話した。

またある日、リクの父・柳町明楽が室井の元を尋ねてきた。そして、室井にリクを引き取らせて欲しいと頼むのだった。児童相談所の松本敬子、端野則次は、リクを明楽の元に戻すという判断をし、室井にリク達家族に二度と会わないと誓わせる。しかし、室井は明楽に接触し、リクに二度と暴力を振るわないと約束させる。そのことをタカと杏に伝え、最後の一日で温泉や外食といった楽しい時間を過ごし、リクを明楽の元へ帰すのだった。

タカは大好きな小説を売り、東京大学の参考書を買い、勉強に明け暮れる。リクが室井たち家族の元を去り、寂しい日々が続く。そんな日の晩、杏は皿を割ってしまう。その時、室井に車庫に火をつけたことを告白した。そんな杏を室井は優しく抱きしめた。その時、リクが傷だらけで室井の家に帰宅し、倒れてしまうのだった。

次の日、明楽がリクを追って室井の家を尋ねてくる。明楽は室井にまたリクを殴ってしまったことを告白するも、室井はリクを明楽の元へ戻すことを拒んだ。明楽は逆上し、室井達の飼い犬であるシンペイを野に放ち、家にあったナタを振り回し、室井を殺害しようとする。それを見た杏は猟銃の入った金庫の暗証番号を思い出し、猟銃を取り出した。そして、明楽のすぐ上の天井へ向かって放った。そして、明楽が室井の家に歩いていくのを目撃していた乃木が到着し、明楽を確保した。その後、室井はシンペイを探しに行くが、雪崩に巻き込まれて死亡する。

3人の子供たちは、室井が酔っ払っていた時に話していた夢を実現するため、それぞれの道を歩んでいった。

月日が流れ、青島俊作が室井の家を訪れた。しかし、青島は呼び出しをくらい、渋々室井の家を後にするのだった。