桜井侑斗にとつぜんデンライナーのオーナーから、緊急鉄道電報が届いているとの知らせが入った。電報は12世紀に発信されたらしい。内容は、「テンオウ シスカ シタケ セラ」とカタカナで印字されていた。一体これは何かと考え込む侑斗だったが、良太郎の「これって誰かが助けをもとめてるよね」という一言が、大きな決断をさせた。さっそく侑斗はデネブと共にゼロライナーで、無限につづく時の砂漠を12世紀に向かって進むのだが、そこには…。12世紀末の海にゼロライナー沈没。そこから始まる冒険が、世界史を揺るがす大事件へと…