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ゴジラとMOGERAが共闘したスペースゴジラとの戦いから1年後、バース島が消滅し、ゴジラとリトルゴジラが姿を消した。その1ヶ月後、香港に全身を燃えるように発光させたゴジラが出現し、赤い熱線を吐きながら香港の町を蹂躙していった。バース島消滅は、その地下の高純度の天然ウランが熱水に反応した結果の爆発であり、その影響を受け体内炉心の核エネルギー反応が不安定になったゴジラは、いつ核爆発を起こしてもおかしくない状態であった。

同じ頃、青海トンネルの工事現場で工事用パイプが溶解するトラブルが相次いで発生。しながわ水族館では魚が突然水に食われるかのように白骨化する怪事件が起きる。その原因は、かつてオキシジェン・デストロイヤーを使用してゴジラを抹殺した際、海底に眠っていた古生代の微小生命体が無酸素環境下で復活し、異常進化を遂げた恐るべき生物・デストロイアであった。デストロイアは急速に巨大化し、人間大の大きさとなって臨海副都心で警視庁の特殊部隊と交戦、さらには自衛隊の攻撃に対して集合・合体し、40メートルの成長体と化して破壊の限りを尽くす。

そんな折、御前崎沖にゴジラに酷似した怪獣が出現した。それは行方不明となっていたリトルゴジラが、天然ウランの影響を受け急成長したゴジラジュニアであった。バース島を失ったジュニアは、自らの故郷であるアドノア島へ帰ろうとしていたのだった。

ゴジラは四国電力・伊方原子力発電所に向かうが、寸前でゴジラ迎撃の為出撃したスーパーXIIIの放ったカドミウム弾により体内の核分裂が制御され始めた。これにより核爆発の危機は回避されたが、体内炉心の温度上昇には歯止めが掛からず、メルトダウン寸前の状態となっていた。もはやゴジラを抹殺できるのは、オキシジェン・デストロイヤー＝デストロイアしかいない。ゴジラとデストロイアを戦わせるため、ゴジラジュニアを囮としてデストロイアに向かわせる作戦が提案される。臨海副都心、羽田空港を舞台に、ゴジラの最終決戦が始まろうとしていた。