在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。

小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。

夏生为了取回“失去的未来”，与迷之讨债人凯瑟琳一起，潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。

在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致，而又丰富感情的机器人。

从海底被打捞起来的亚托莉如是说到。

“我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！”

在一个逐渐沉入海中的平和小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。

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原因不明の海面上昇によって、 地表の多くが海に沈んだ近未来。

幼い頃の事故によって片足を失った少年・斑鳩夏生（いかるがなつき）は、
都市での暮らしに見切りを付け、 海辺の田舎町へと移り住んだ。

身よりのない彼に遺されたのは、
海洋地質学者だった祖母の船と潜水艇、 そして借金。

夏生は“失った未来”を取り戻すため、 謎の借金取り・キャサリンと共に、
祖母の遺産が眠るという海底の倉庫を目指して潜る。

そこで見つけたのは、
棺のような装置の中で眠る不思議な少女――アトリ。

彼女は、 人間と見紛うほどに精巧で感情豊かなロボットだった。
海底からサルベージされたアトリは言う。

「マスターが残した最後の命令を果たしたいんです。
それまで、 わたしが夏生さんの足になります！」

海に沈みゆく穏やかな町で、
少年とロボットの少女の、 忘れられない夏が始まる――。