U.C.0122年，2年前在火星战役中毁灭的火星独立吉翁军再次在1年前重新整备武装战力，以亡灵姿态返回地球圈。地球联邦军收到消息后立即编成反地球联邦组织扫荡部队，命令扫讨残党和在各宇宙殖民地调查。当中第13反地球连邦组织讨伐舰队从运送中接收到高达F90后执行扫荡残党的任务，从SIDE 4出发。
本故事是连接漫画《机动战士高达F90》和电影《机动战士高达F91》之间的故事，把U.C.0122年作为舞台。身为主角机高达F91和作为高达F91的前身高达F90 V型都同时登场，并作为机动战士高达F91的前半段故事色彩的内容配合。
高达系列作品中首次以原创游戏故事作品也即是本作品，以机械设定是大河原邦男负责，人物设定由机动战士高达0083 STARDUST MEMORY、机动战士高达 第08MS小队的川元利浩担任，背景音乐由富㭴则彦担当。同时，游戏的发售期间在讲谈社的“高达杂志”连载。