故事开始发生在1998年7月23日的一列火车上，车上乘客受到怪物袭击而全灭.
两个小时后，S.T.A.R.S.的Bravo小队前往拉昆市郊外调查离奇杀人事件时，小队飞机失控降落. 降落时发现了一轮押犯车，而负责押送的警员已经死亡，得知车上的死刑犯是杀了23个人而被判死刑的海军陆战队少尉比利.
Bravo队队长Enrico下令分散调查时，队员蕾贝卡发现了一列翻侧火车,于是上车调查，发现B.O.W并遇见比利，打算上报时却发现已与队员失散(因大部分队员已死亡).
后来蕾贝卡在遇到危机时被比利所救，两人决定合作逃出火车，到达了研究所，得知比利被判死刑的真相和Umbrella背后的病毒，并在研究所里打败了因T病毒复活的马克仕博士(James Marcus)，更打败了女王水蛭，研究所自爆(其实是由威廉·柏金启动的).
后来两人在洋馆前道别，蕾贝卡前往洋馆打算与队长会合，比利也为了他的清白而另走别路。