大規模なロボトル大会｢メダリンピック｣が開催される、優勝商品はなんと宇宙旅行!
もちろん主人公「天領イッキ」と仲間たちはこの大会に参加しようとするが、その矢先、 メダロットのデータが消えてしまう謎の怪奇現象が発生。再び一からのスタートとなる。
それにもめげず各地の都市を回って大会を勝ち進んで、目指せ優勝!
しかし行く先々で奇妙な事件に巻き込まれ、｢スピリット｣と名乗る人間を憎む謎の存在に出くわす。
｢スピリット｣は一体何者なのか、そしてメダロット・メダルの誕生の謎も解き明かされていく…