檜あすなろたち三軍こと第三野球部は、ある日監督から解散命令をされる。しかし野球部に入ったのなら最後に試合をさせてほしいという要望から、勝ったら一軍に上がるという条件で一軍と試合をすることになる。
飛翔編では、セ・リーグの架空の球団で万年最下位の千葉マリンズに、檜あすなろと桑本聡が入団する。そのマリンズは、今シーズンで球団身売りという噂が…。オーナーの度重なる嫌がらせに、マリンズ一同はどう立ち向かうのか?