20XX年　新春　東京
その超人的な能力で、幾多の敵と戦って来た
特務隊「エクス」――
彼らの活躍によって、世間を騒がせた怪奇事件は
すでに過去の話となっていた
彼らの日常は、ついに戦いから
解き放たれるかに思われた
――しかし、異変は突如として訪れる
天空に現れた推定全長3,000kmを超える謎の物体
「エンブリオ」
これは終末の兆しか、それとも福音なのか……
世界中が騒然とする中、事態を重く見た国連は
CPOへ協力を要請
「エクス」による大規模突入作戦が行われた
勝利は目前に思えた、その時――