時は11区でのアオギリの樹の抗争から半年後。
本作の主人公・リオはかつて、無実の罪で喰種の収容所｢コクリア｣へ捕らえられていた。
コクリア襲撃事件をきっかけに脱走した彼は、自分の身の潔白を証明すべく、コクリアに捕まる原因となった喰種・ジェイルを追う。
一方、カネキは｢あんていく｣を離れ、自身が喰種となった原因を求める傍ら、”共喰い”で喰種の血を濃くしていた。
リオとカネキ、そして彼らの仲間たちがたどる数奇な運命とは……。