株式会社藤子・F・不二雄プロは、漫画家の藤子・F・不二雄が立ち上げた漫画制作会社。代表取締役社長は伊藤善章（元小学館プロダクション取締役）。所在地は東京都新宿区。通称「藤子プロ」。

元々は、藤子・F・不二雄と藤子不二雄Ⓐが「藤子不二雄」としてコンビを組んでいた時代に設立した「藤子スタジオ」に由来する。1987年のコンビ解消に伴い、藤子スタジオは藤子不二雄Ⓐ作品の漫画制作と著作権管理を引き継ぎ、藤子・F・不二雄作品については新たに設立した「有限会社藤子・F・不二雄プロ」が同様の業務を行うことになった。当初の代表取締役は藤子・F・不二雄（藤本弘）本人。藤子・F・不二雄没後に株式会社化し、代表取締役会長は夫人である藤本正子が、社長には伊藤が就任した。藤本正子は2006年に退任。現在に至る。
藤子・F・不二雄の生前は、藤子・F・不二雄作品の著作権管理と漫画制作が主たる業務だった。
藤子・F・不二雄没後は、藤子・F・不二雄のライフワークを引き継ぐ形で所属漫画家による『大長編ドラえもん』の続巻「のび太の南海大冒険」から「のび太のワンニャン時空伝」（最終巻）までの執筆、および『ドラえもん』を中心としたキャラクターグッズの製作管理を行うようになる。
2004年に漫画制作を取りやめた。当時所属していたむぎわらしんたろうや岡田康則など漫画家を全て独立させ、著作権管理を主な業務とするようになった。
2007年に神奈川県の生田緑地内に「川崎市 藤子・F・不二雄ミュージアム」（藤子・F・不二雄作品を展示する記念館）を設置することを発表し、建物の建設およびミュージアムの運営を委託する関連会社「株式会社藤子ミュージアム」を2008年に設立、2011年9月に開館している。