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多額の報酬や研究費という好条件に、世界の頭脳と技術が中国へと流れる中、日本からも研究者が参加しているとも言われている。その中には日本学術会議の元会員の名前もあり、2015年には日本学術会議と中国科学技術協会との間で「共通の科学的な利益のある分野において協力を行うこと」という内容の覚書も交わされている。 また、自民党の甘利明衆議院議員がブログに「『千人計画』には間接的に協力しているように映ります」と綴っていたことも拍車をかけ、ネット上には日本学術会議が中国の「千人計画」に協力しているのではという憶測が広まった。 これに対し加藤官房長官は「二国間の枠組みを通じた学術交流を行っているが、中国の千人計画を支援する学術交流事業を行っているとは承知していない」と回答。甘利氏も「「積極的に協力」と云う表現が適切でないとしたら改めさせて頂きます」と記述を改めた。 日本学術会議も「そのような事実はない」と、
内閣府は29日、2019年度当初予算案における科学技術予算が対前年度比10.4％増の4兆2377億円になり、当初予算ベースで初めて4兆円を超えたと発表した。ただ、内閣府は18年度分から集計方法を変えて事実上の予算額の「かさ上げ」をしているが、今回からかさ上げ分を公表しないことにした。過去との比較ができず、データの信頼性が問われることになる。 科学技術予算は、各府省の事業を内閣府が集計して公表している。内閣府は17年、公共事業などもITなどの新技術を使えば科学技術予算に含められるようにした。例えば、人工知能（AI）を使った重機でトンネルを掘ると、トンネル自体の費用も含めて科学技術予算に計上できる。この結果、18年度の科学技術予算は1915億円がかさ上げされた。
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