Bəzi ehtimallara görə, orta əsrlərin əvvəlində indiki Mahaçqalanın yerindəXəzər xaqanlığının paytaxtıSəməndər yerləşirdi. Həmçininqumuq xalqınınTarku şamxallığının mərkəzi olan Tarku kəndi də burada yerləşirdi; hazırda keçmiş Tarkunun ərazisi Mahaçqalanın məhəllələrindən birinin ərazisidir.
Mahaçqala 1844-cü ildə rus hərbi istehkamı kimi salınmışdır. Şəhərin limanı 1870-ci ildə tikilib. 1898-ci ildə şəhərBakı vəVladiqafqaz ilə dəmiryol vasitəsilə birləşdirilib. 1914-də burada ilk neft zavodu inşa edildi.
1857-ci iləcənPetrovskoye (rus çarıI Pyotrun şərəfinə), 1921-ci iləcənPetrovsk-Port, 1920-1922-ci illər arası isəŞamilqala (Şeyx Şamilin şərəfinə) adlanırdı. İndiki adı, ləqəbi "Maxaç" olan dağıstanlı inqilabçıMəhəmməd Əli Daxadayevin şərəfinəsovet dövründə qoyulub.
Yerli əhali şəhəriAnciqala ("inci qalası") adlandırır; şəhərin futbol klubu "Anji Mahaçqala" (ФК «Анжи́» Махачкала) da məhz bu adı daşıyır.
Mahaçqalada hazırda 62 məktəb, 5 ali məktəb, 4 kinoteatr, 3 respublika kitabxanası fəaliyyət göstərir, habelə: avar, qumuq, və lakların musiqi-dram teatrları, Dağıstan Dövlət Filarmoniyası, Mahaçqala Musiqi Məktəbi, Poeziya Evi, Hökumət Evi, Şahmat Evi, Dağıstan Respublikası Milli Kitabxanası, Respublika Uşaq Kitabxanası, Dağıstan Kukla Teatrı, Dağıstan Opera və Balet Teatrı, "Dinamo" Stadionu, Rusiya Elmlər Akademiyası Dağıstan Elm Mərkəzinin dağüstü botanik bağı, Təsviri İncəsənət muzeyi, Cümə məscidi, Şeyx Şamil adına məscid, Müqəddəs Vladimir kilsəsi və s. fəaliyyət göstərirlər.