Hudeydə adından ilk dəfəYəmən tarixçisi Əli bin Həsən əl-Hazrəci 1393-cü ildə bir sahilin adı olaraq söz açır.[2] Ancaq aparılan arxeoloji araşdırmalar, bu tarixdən üç-dörd əsr öncə bu civarda bəzi yaşayış mərkəzlərinin olduğunu ortaya çıxarmışdır. İslamın yayılışından qısa bir müddət öncə bölgənin cənubundakı Qanemiyədə yaşayanlar vardı və bu insanlar, Həzrət peyğəmbərin bölgəyə yolladığı dəvətçiyə dirənmə göstərmədən İslamiyəti qəbul etmişdilər[3]. Bu şəhər ehtimalən bir zəlzələ sonunda yox olmuşdur. XIV əsrdə ov sahəsi olaraq istifadə edilən Hudeydədən yaşayış mərkəzi mahiyyətilə bəhs edilməsi,XV əsrin ortalarında Ədəndəki Tahiri sultanlığının hakimiyyət illərinə rastlanır. Əhməd ibn Məcid də "Kitabül-Fəvaid" adlı əsərində (yazılma tarixi 1490) buranın Yəmənin ən önəmli limanlarından biri olduğunu söyləyir.
XVI əsrin ilk rübündə Hudeydə limanı önəmini qorudu. 1515-ci ildəMəmlüklər Ədənə gələnportuqaliyalılara qarşı göndərdikləri qüvvətlər içinZəbid imamının istənilən qıda yardımını etməməsi üzündən quruya əsgər çıxararaq Hudeydədə hakimiyyətə yiyələndilər. Bu hücumdan böyük zərər görən şəhər canlılığını itirdi və funksiyasını daha cənubdakı Moha limanına buraxdı. 1517-ci ildəMisirin Yavuz Sultan Səlim tərəfindən ələ keçirilməsindən sonra Yəməndə olan Məmlük ordusu daOsmanlı dövlətinin hakimiyyətini qəbul etdi.Qucarat sultanı Bahadur şahın Osmanlı dövlətindən portuqaliyalılara qarşı yardım istəməsi üzərinə 1538-ci ildə Hind səfərinə çıxan Xadım Süleyman paşa komandasındakı Osmanlı donanması dönüşdə Hudeydəyə və YəməninQırmızı dənizdəki digər limanlarına uğrayaraq bölgəni nəzarət altına aldı. 1625-ci ildə Zeydi imamı Məhəmməd Müəyyədbillah Hudeydəyə yürüdüyündə Osmanlılar açıqdakı Kəməran adasına çəkildilər və şəhər 1636-cı ilə qədər Zeydilərin hakimiyyətində qaldı.[4]
CənubdakıMoha limanı Qırmızı dənizin girişinə yaxınlığından dolayı Avropa, Cənubi-şərqi Asiya və Hindistan arasındaki qəhvə ticarətinin mərkəzi halına gəlincə Hudeydə qədim əhəmiyyətini itirdi. Bu durum, XVII əsrin son rübünə girildiyində Avropalı quldur gəmilərinin Babülməndəbin yaxınından keçən ticarət gəmilərinə hücum etməsilə dəyişdi və içəridə olması səbəbiylə daha güvənli olduğu üçün təkrar önəm qazanan Hudeydə limanında qəhvə ticarəti yenidən canlandı. Osmanlı dövləti qəhvə ticarətini bu limandan aparır, Amerikan bəzi və qaz yağı qarşılığında İngiltərə və Fransaya ixrac edilən qəhvənin miqdarı ildə 6.000 ton olurdu. Hudeydə XVIII əsrdə, özəlliklə 1730–1790-cı illər arasında ən parlaq dönəmini yaşadı; ticari baxımdan getdikçə önəm qazanan şəhərin bu illərdəki durumunu buranı ziyarətə gələn bir çox qərbli səyyah anladır. Hudeydə limanı, Qırmızı dənizdəki Sevakin tüccarlarının Nil torpaqlarından göndərdikləri atlar üçün də bəlli-başlı bir bazar yeriydi. Ancaq bu ticari inkişaf qısa sürdü. Zira şəhər bölgədəki əşirət və qəbilələrin hücumlarına məruz qaldı və 1809–1810-cu illərdə Şərif Hamud Əbu Mismar buranı işğal etdi. Daha sonra Cizandan gələn Vəhhabilər şəhəri yağmaladılar və yandırıb-yıxdılar.Misir valisi Məhəmmədəli paşa, nüfuz sahəsini Ərəbistan yarımadasına qədər genişlətdiyində bu yerlərdəki olaylar istədiyi şəkildə gerçəkləşməyincə HudeydəniSənadaki Zeydi hakimiyyətinə buraxdı.[5]
Ədən limanınınİngilislər tərəfindən inkişaf etdirilməsiylə önəmi azalan Mohanın yerinə Türklər 1830-cu ildə Hudeydə limanını islah etdilər. Şərif Hüseynin üsyanında (1832) bura olduqca zərər gördü. Misirdə güclənən Məhəmmədəli paşa, təkrar Akabədən Babülməndəbə qədər Ərəbistan sahillərini nəzarətinə alınca şəhər yenidən böyük bir ticarət mərkəzi halına gəldi.[6]
