Şəhər 1475-ci ildəFateh Sultan Mehmed komandirlərindən biri olan Gedik Əhməd Paşa tərəfindən tutulmuş və Osmanlı İmperatorluğuna tabe olmuşdur. Keçmişdə kiçik bir məskunlaşma yeri olan Bağçasaray, 1503-cü ildə İ. Mengli Gəray Xan tərəfindən Çürüksu çayının kənarında inşa edilmiş və daha sonra Krım xanlığının paytaxtı olmuşdur. Beləliklə, Krımın inzibati və mədəniyyət mərkəzi olan Bağçasaray'da, yeni məscidlər və mədrəsələr, həmçinin Xan sarayına yeni hissələr əlavə edildi. Bu fəaliyyətlər arasında; I. Mengli Gəray Xanın və I. Hacı Gəray Xanın da türbələri var.
Osmanlı İmperatorluğu ilə Rusiya Çarlığı arasında 1677-81 döyüşünü bitirən və Dneprin Qərb sahilini Osmanlı İmperatorluğuna, şərq sahilini isə Rusiyaya ilxaqı ilə nəticələnən Bağçasaray müqaviləsi 1681-ci ildə bu şəhərdə imzalanmışdır.
Şəhər 1736-ci ildəki Rus işğalı ərəfəsində böyük təxribatlara məruz qalmışdır 1774-cü uldə Kiçik Qaynarca müqaviləsiı ilə Rusiya, Krımın müstəqilliyini və tərəfsizliyini Osmanlı İmperatorluğuna qəbul etdirdikdən sonra 1783-cü ildə Krımı işğal etməsi nəticəsində Bağçasaray da Rusiya işğalına altına girmişdir. Şəhər bu müddət ərzində də Tatarların əhəmiyyətli bir mədəniyyət mərkəzi olmuşdur.