N'agostu de 2002, un equipu encabezáu por Pääbo publicó una serie de descubrimientos sobre'l "xen delllinguaxe",FoxP2, que ta ausente o s'atopa estropiáu en dellos individuos con discapacidaesfonoaudiolóxiques.
Pääbo ye consideráu como unu de los fundadores de lapaleoxenética, disciplina qu'utiliza los métodos de la xenética pa estudiar a losprimeros humanos y otres poblaciones de laprehistoria. En 2006, anunció un plan pa reconstruyir el xenoma completu delhome de Neandertal, elProyeutu del xenoma del neandertal. En 2007, Pääbo foi nomáu pola revistaTIME como unu de los 100 persones más influyentes d'esi añu.
En febreru de 2009, na xunta añal de l'American Association for the Advancement of Science (AAAS), anuncióse que l'Institutu Max Planck d'Antropoloxía Evolutiva, en collaboración cola corporación454 Life Sciences, completara'l borrador de la primer versión del xenoma del Neandertal, con más de 3 billones depares de basessecuenciaes, proyeutu empobináu por Svante Pääbo.
En marzu de 2010, Pääbo y los sos colegues publicaron un informe sobre l'analís del ADN d'un güesu de deu topáu nescueves de Denisova enSiberia, que los sos resultancies suxirieron que pertenecía a un miembru estinguíu del xéneruHomo entá non reconocíu, bautizáu comohomínidu de Denisova.[24]