عند التعامل مع الأغذيةكمواد أولية ومنتجات نهائية تظهر تحديات ومتطلبات جديدة قد لا تتوافر في أنواع الهندسة الأخرى، أحد أهم هذه التحديات هو التنوع الكبير فيالمواد الأولية التي تتعامل معها الهندسة الغذائية، حيث من أجل الحصول على جودة عالية بإنتاج منتجات متناسقة فإنه يجب تصميمالعمليات الصناعية بحرص شديد لتقليل التغيرات التي تطرأ على المواد أثناءالتصنيع.
تعتبر عملية نقل السوائل من أكثر العمليات في معامل تصنيع الأغذية. يجب معرفة خواص السائل المطلوب نقله قبل تصميم نظام نقل السوائل، حيث توجد علاقة خطية بينإجهاد القص ونسبة القصللموائع النيوتونيةكالماء،عصير البرتقال،الحليبوالعسل. يتم تحديدلزوجة الموائع النيوتونية من انحدار الخط المستقيم. اللزوجة هي خاصية هامة وضرورية في الكثير من حسابات التدفق للسوائل.
أما بالنسبة للسوائل اللانيوتونية تكون العلاقة بين إجهاد القص ونسبة القص هي علاقة غير خطية.
تستخدم عملياتنقل الحرارة بشكل واسع في صناعة الأغذية في عمليات التسخين والتبريد. يكون لأنماط نقل الحرارة الثلاثة:التوصيل،والحملوالإشعاع دور هام في عملية تصنيع الأغذية. لكن يجب معرفة خواص المواد الفيزيائية والحرارية بشكل دقيق قبل تصميم عملية النقل الحراري. هناك مكتبة حاسوبية[1] تحوي أكثر من خواص 2500 مادة غذائية بالترافق مع مصادرها. تتأثر خواص معظم المواد الغذائية ذات محتوى الرطوبة العالي بكمية المياه التي تحتويها، والعديد من النماذج لحساب الخواص الحرارية تعتمد على كمية المياة المتوافرة في المادة الغذائية.[2]