ذهب أوتو الثالث في عام 996 إلى إيطاليا للمطالبة بألقابملك إيطالياوالإمبراطور الروماني المقدس، والتي لم يطالب بها أحد منذ وفاة أوتو الثاني عام 983. سعى أوتو الثالث لإعادة السيطرة الإمبراطورية على مدينة روما، والتي ثارت تحت قيادة كريسنتوس الثاني، ومن ضمنها البابوية. تُوِّج أوتو الثالث كإمبراطور، فقمع التمرد الروماني وعين قريبهغريغوري الخامس في منصبالبابا، وكان بذلك أول بابا من أصل ألماني. تمرد كريسنتوس الثاني مرة أخرى بعد أن عفا عنه الإمبراطور وغادر المدينة، وخلعغريغوري الخامس وعين يوحنا السادس عشر كبابا. عاد أوتو الثالث إلى المدينة في عام 998، وأعاد تعيين غريغوري الخامس، وأعدم كلا من كريسنتوس الثاني ويوحنا السادس عشر. نصب أوتو الثالثسيلفستر الثاني في منصب البابا الجديد عندما توفي غريغوري الخامس في عام 999. عززت تصرفات أوتو الثالث طوال حياته السيطرة الإمبراطورية علىالكنيسة الكاثوليكية.
واجه أوتو الثالث منذ بداية حكمه معارضة منالسلاف على طول الحدود الشرقية. تمرد السلاف على السيطرة الإمبراطورية بعد وفاة والده في عام 983، فأجبر ذلك الإمبراطورية على التخلي عن أراضيها شرق نهرإلبه. حارب أوتو الثالث لاستعادة الأراضي المفقودة للإمبراطورية طوال فترة حكمه بنجاح قليل. عزز أوتو الثالث علاقات الإمبراطورية مع بولنداوبوهيمياوالمجر أثناء وجوده في الشرق. كان قادرًا على بسط نفوذالمسيحية من خلال دعم عمل البعثات في بولندا، وذلك من خلال علاقاته في أوروبا الشرقية في عام 1000، ومن خلال تتويجستيفين الأول كأول ملك مسيحي للمجر.
واجه أوتو تمردًا من قبل الأرستقراطية الرومانية لدى عودته إلى روما في عام 1001، فأجبره ذلك على الفرار من المدينة. عانى أوتو أثناء مسيرته لاستعادة المدينة في عام 1002 من حمى مفاجئة وتوفي في قلعة باتيرنو في فاليريا عن عمر يناهز 21 عامًا مع عدم وجود وريث واضح لخلافته. أدى موته المبكر إلى دخول الإمبراطورية في أزمة سياسية.
كانت ألمانياودوقية بوهيميا على اتصال كبير ببعضهما البعض في عام 929، وذلك عندما غزا الملك الألمانيهاينريش الأول الدوقية لإجبار الدوق فينسيسلاف الأول على دفع جزية منتظمة لألمانيا. اُغتيل فينسيسلاف في عام 935، وخلفه شقيقه الأول كدوق، ورفض الاستمرار في دفع الجزية السنوية لألمانيا. تسبب هذا الإجراء في غزو ابن هاينريش الأول وخليفتهأوتو الأول لبوهيميا. تدهور الصراع بعد الغزو الأولي إلى سلسلة من الغارات على الحدود استمرت حتى عام 950؛ وذلك عندما وقع أوتو الأول وبوليسلاف الأول معاهدة سلام. وافق بوليسلاف الأول على استئناف دفع الجزية والاعتراف بأوتو الأول كسيد له. دُمِجت الدوقية بعد ذلك فيالإمبراطورية الرومانية المقدسة كدولتين مكونتين للاتحاد.
كانت بوهيميا ستصبح عاملاً رئيسياً في العديد من المعارك على طول الحدود الشرقية للإمبراطورية. ساعد بوليسلاف أوتو الأول في سحق انتفاضة السلاف على طول نهر الإلب السفلى في عام 953؛ وتوحدوا مرة أخرى لهزيمة المجريينبمعركة ليشفيلد في عام 995. أسس أوتو الأول في عام 973 أسقفية براغ التابعة لأسقفية ماينتس، وذلك من أجلتنصير الأراضي التشيكية. تزوجت دوبراوا ابنة بوليسلاف الأول من الوثنيميشكو الأول من بولندا في عام 965 لتعزيز التحالف البوهيمي البولندي. ساعد هذا الزواج على جلب المسيحية إلى بولندا. توفي في عام 972 وخلفه ابنه الأكبر بوليسلاف الثاني كدوق.
أقسم بوليسلاف الثاني بالولاء لأوتو الثاني بعد انحيازه في البداية إلى جانب ابن عمههاينريش الثاني دوق بافاريا ضد أوتو الثاني[1] خلال ثورة هاينريش الفاشلة في عام 977. دعم بوليسلاف الثاني هاينريش الثاني مرة أخرى في محاولته لتولي العرش الألماني،[2] وذلك عندما توفي أوتو الثاني فجأة في عام 983 وخلفه أوتو الثالث البالغ من العمر ثلاث سنوات. فشل عرض هاينريش، وأقسم بوليسلاف الثاني بالولاء لأوتو الثالث كما حدث في عام 977.