وهي آخر جزيرة منجزر القمر، التي فرضت عليها الحماية الفرنسية في عام 1887،وقد تمكنتفرنسا من تحقيق غرضها بسهولة في هذه الجزيرة بسبب انتشار الحروب الأهلية،ذلك بسبب نشوب صراع بين علوي حاكم إنجوان، وعمه السالم، ولم يتمكن علوي من التصدي لعمهفهرب إلى جزيرةالقمر الكبرى، ومنها إلىموزمبيق، ثم استقر به المقام فيموريشيوس،ورغم انفراد سالم بالحكم في إنجوان، إلا أن الأمور لم تستقم له، بسبب الفوضى والحروب الأهلية، فقاموفد من سكان الجزيرة بمقابلة القائد المصريرضوان باشا وطلبوا منه دخول الجزيرة تحت الحماية المصرية.وفي الواقعة كانت الحكومة المصرية خلال هذه الفترة مشغولة بتدعيم سيطرتها على ساحلشرق أفريقيا،أكثر من اهتمامها بهذه الجزر الصغيرة. وتوفي سالم ليخلفه ابنه عبد الله الذي تقرب من البريطانيين ووقعمعهم معاهدة تنص على إلغاءتجارة الرقيق في إنجوان، ولكن ترتب على توقيع هذه المعاهدة ثورةالتجار ضد عبد الله، لأن هذه التجارة مثلت مصدر رزق لهم، فاندلعت الحرب الأهلية واضطر عبد الله للإبقاء علىعرشه إلى طلب الحماية الفرنسية.[2]
تم توقيع معاهدة الحماية الفرنسية على إنجوان 15اكتوبر 1887 تعهد فيها حكام الجزيرة بقبولممثل فرنسي في أراضيهم، وأعطوا لفرنسا حق إنشاء المدارس، كما أعطت المعاهدة للممثل الفرنسي حقالتجارة في المنطقة.وافق عبد الله بن سالم على قبول الحماية الفرنسية، ولكنه رفض بأن تكون الإدارة الداخلية في الجزيرةفي يدفرنسا، واعتبر ذلك مساسا بحقوقه، اندلعت الثورة في إنجوان وقام المسلمون بمهاجمة مقرالمعتمد الفرنسي وأهانوا العلم الفرنسي، ثم توفي عبد الله ليخلفه أخاه عثمان، فاندلعت الثورة في إنجوانوالحروب الأهلية من جديد لأنالعرب بايعوا سالم بن عبد الله، بينما بايعالزنوج بايعوا عمه عثمان،واضطر سالم إلى الفرار فتعقبه عثمان وقبض عليه. وخلال فترة الحروب الأهلية بين عثمان وابن أخيهسالم أفادت فرنسا من الموقف فأنزلت جنودها إلى الجزيرة وقامت بنفي كل من عثمان وسالم، ونصبالفرنسيون السيد عمر أميراً على إنجوان، فعين حاكما عليها وأعلن في 21أبريل 1892 قبولهللحماية الفرنسية. مؤكدا حق فرنسا في المنطقة فدفع لهم بذلك ثمن تنصيبه سلطانا على بلاده.[3]
صدر قراراً في عام 1912 أصبحت بموجبه هذه الجزر مستعمرة فرنسية ثم ألحقت هذه الجزربـمدغشقر،وبقيت تتبعها لمدة عامين حتى عام 1914، ثم عادت مستعمرة منفصلة واستمر ذلك الوضع حتى ما بعدالحرب العالمية الثانية .
تتمتع الجزيرة بحكم داتي في إطار دولة جزر القمر وتتوفر على مجلس به 25 نائبا تم انتخابه ما بين 14 و 21 /2004. فاز مناصروا محمد بكار بـ 20 مقعدا مقابل 5 لمناصريغزالي عثماني.
وقد شهدت محاولات الانشقاق عن الوطن الأم سنة1997 باءت بالفشل وأخيراً حين أعلن رئيسها الاستقلال عن موروني لكن تدخل قوات الاتحاد الأفريقي أعاد الأمور إلى نصابها.
ويذكر أن إنجوان كانت قد انفصلت في 1997 ثم عادت إلى الاتحاد أواخر 2001، ويعاني اتحاد جزر القمر منذ سنوات من نزاعات بين العاصمة موروني والجزر الثلاث وهي القمر الكبرى وإنجوان وموهيلي حيث تتمتع كل واحدة منها بمؤسساتها الخاصة.
تم اختيار الكولونيل محمد بكار لرئاسة الجزيرة في 2002. وفي 2007 عند اختياره لولاية ثانية احتجت الحكومة القمرية على ذلك ووصفته بغير القانوني.
بعد التدخل العسكري للاتحاد الأفريقي تم إعادة الانتخابات في 2008 وفاز موسى طيبو القريب لرئيس القمر ب 52% من الأصوات.
جزيرة إنجوان هي أهم منطقة للإنتاج الزراعي في الاتحاد. المنتجات التي تزرع فيها هيالفانيلياوالقرنفل واليلانغ يلانغ. ويتم إنتاج وتصدير فواكه إلىمايوت انطلاقا من الجزيرة ويتم إنتاج أرز محلي لكن لا يكفي الجزيرةو يقع ميناء موتصمدو ومدرسة الصيدات في الجزيرة. السياحة قليلة في الجزيرة لعدم توفرها على شواطئ الرمل الأبيض.