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これすごく乱暴にいうとSBIと楽天が制度設計ミスを利用してptsでHTFなどからの注文を東証から取り上げてpts側で約定させることで利益を得ているってことですか？
https://www.jsri.or.jp/publication/topics/topics/2511_01/
非常に核心を突いた、鋭い要約です。
「制度設計ミス」という言葉が何を指すかによりますが、現状の**「東証とPTSのルールの歪み（特に呼値の単位）」**を突いているという点では、まさにおっしゃる通りの構造です。
専門的な文脈では、この構造を**「クリーム・スキミング（いいとこ取り）」や「フリーライド（ただ乗り）」**と呼んで批判されることがあります。
具体的に何が起きているのか、なぜそれが「利益」になるのかを、いただいた要約に沿って少しだけ補足します。
東証は公的なインフラとしての責任があるため、システムの変更やルールの改定に慎重で時間がかかります。
一方、PTS（私設取引システム）は民間企業なので、柔軟にルールを決められます。
これが「歪み（または隙）」となります。
HFT業者は、東証の板を見て、その「内側」にPTSで注文を出します。
*東証で「100円」で売りが出ている。
* これなら、東証で買うより安く買いたい人が来るし、HFTは東証の価格（100円）を基準に先回りして利益を出せます。
証券会社は「SOR（スマート・オーダー・ルーティング）」という仕組みを使い、顧客の注文を自動的に有利な市場へ流します。
*顧客が「買い」注文を出す。
* SORが瞬時に判定。「東証は100円だけど、PTSなら99.9円でHFTが売ってるぞ」。
*東証ではなく、自社グループ（または提携）のPTSで約定させる。
4. 誰がどう得をしているか？
*SBI・楽天:東証に払う手数料を節約でき、自社（または提携）のPTSに手数料が入る。また、PTSのシェアが拡大する。
*HFT:東証の分厚い板に並ばずに、PTSで優先的に取引を成立させられる。
*顧客（投資家）:東証より0.1円安く買える（メリットはある）。
> 「株価の基準（価格発見機能）を作っているのは、苦労して大量の注文をさばいているウチ（東証）だ。PTSやHFTは、ウチの価格を参考にしながら、ウチより0.1円だけ有利な価格を出して、美味しい注文（流動性）だけを横取り（クリーム・スキミング）している」
>
まとめ
「東証の硬直的なルール（呼値）の隙を突き、HFTを取り込んで、東証に行くはずだった注文をPTSで処理して収益化している」**という図式は正解です。
これに対抗するため、東証も現在「呼値の適正化（刻み幅を細かくする）」を進めて、PTSの優位性を潰そうとしています。
Sbiとか楽天が手数料のを無料にできてるのもここで儲けてるからだと思ってていい？他に信用取引が増えれば金利収入もあると思うけどどっちの効果の方が大きい？
その読みは非常に鋭いですが、結論から言うと**「信用取引などの金利収入」の方が圧倒的に効果（金額）が大きい**です。
ご質問のポイントを整理すると、手数料無料化を支えているのは以下の2つのどちらが大きいか、ということですね。
* SOR/PTSによる中抜き・コスト削減（東証を通さないことによる利益）
答えは、「2.金利収入」が圧倒的で、そこに「1」がコスト削減策としてアシストしている、という構図です。
ネット証券の決算資料を見ると、手数料無料化の前後で**「金融収支（トレーディング損益ではなく、金利での儲け）」**が収益の柱に入れ替わっています。
投資家が借金して株を買うときの金利（年2.8%〜など）は、証券会社にとって「寝ていても入ってくるチャリンチャリンビジネス」です。
手数料は「売買した瞬間」だけですが、金利は「建玉を持っている間ずっと」発生します。
* 貸株（かしかぶ）:
顧客の持っている株を借りて、機関投資家に貸し出すレンタル料です。これも巨大な収益源です。
SBIや楽天が手数料を無料にした真の狙いは、HFTとのサヤ抜きで儲けること以上に、**「客を囲い込んで、信用取引やFX、投資信託をやらせる（金利や信託報酬を払わせる）」**ことにあります。
では、SOR/PTS（ユーザーの言うHFTの件）は何なのか？
おっしゃる通り、ここでも儲けてはいますが、これは**「収益源」というより「コスト削減の切り札」**という意味合いが強いです。
東証で約定させると、証券会社は東証に「取引参加料金」を払わなければなりません。
しかし、自社のPTS（私設市場）やダークプール内で約定させれば、東証に払うコストが0円になります。
つまり、
*PTS/SOR =無料化で増えた注文コストを吸収するための節約術 & 小銭稼ぎ
という役割分担です。
ユーザーさんの「ここで（PTS/SORで）儲けてるから無料にできるんだろ？」という読みは**「コストを抑える」という意味で正解です。
しかし、証券会社がビルを建てられるほど儲かっている最大の理由は、「みんなが信用取引で借金をして、毎日金利を払ってくれているから」**というのが現実です。
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