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『神世補完計画：神代エヴァンゲリオン』―日本神話版エヴァストーリー
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■序章：神々の子ら
シンジ＝天照大神の化身は、父ゲンドウ＝イザナギに呼び出され、荒ぶる神（使徒）を鎮めるため「依り代＝エヴァ」に乗るよう命じられる。世界には今、信仰を失った神々の荒御魂が顕現し、人々に災厄をもたらしていた。
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■中盤：黄泉と穢れ
綾波レイ＝イザナミの転生体は、かつて黄泉に堕ち、死の穢れを抱いて帰還した存在。
ゲンドウ＝イザナギは彼女を取り戻すため、禁呪によって黄泉の国へと踏み込み、そこで腐敗したレイの姿を見て逃げ帰る。これが“人類補完計画”の原点。彼は「死と再生」「神と人の融合」によって完全な世界＝神世の復元を目指す。
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■転換：神懸かりと神去り
アスカ＝スサノオは激情ゆえに暴走し、自らのエヴァを“神”と一体化させるが、制御を失い神罰を受ける。
綾波レイは霊的共鳴を強め、次第に“個”を失い、神格へと昇華していく。
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人類補完計画の発動により、死者の魂が現世に溢れ出し、人間たちは「見るべきでない真実（黄泉の姿）」を目にして自己崩壊。
シンジは絶望と恐怖の果てに「天の岩戸」へと籠もり、すべてを拒絶。世界は太陽を失い、闇に包まれる。
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ミサトやアスカら生者の「神楽（対話と共鳴）」によって、シンジは岩戸の中で自我と向き合う。
黄泉のレイは「私を見て」と微笑み、死と穢れを肯定しようとするが、シンジはそれを受け入れた上で「生きること」を選ぶ。
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■結末：神世の終わりと人の夜明け
シンジは岩戸を開き、黄泉と現世を繋ぐ柱となり、補完計画は中断される。
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