マチュとシュウジは新型モビルアーマーとの死闘の末、コロニー外縁部へ追い詰められる。その際、偶然「白いガンダム」の残骸が眠る廃棄ゾーンに墜落。シャアの記憶データが残る黒匣子(ブラックボックス)を発見し、赤いガンダムとの驚異的なシンクロ現象が発生する。
一方、キシリア暗殺計画の真相が明らかになり、実は地球連邦軍の謀略であったことが判明。ニャアンは運び屋として関与していた過去を打ち明け、マチュとの間に亀裂が生じる。終盤、月の影から現れた謎の艦隊がコロニーを包囲し、その旗艦から「〇〇〇〇(伏せ字)」の名が叫ばれる――
白いガンダムの遺産:シャアの記憶がシュウジのガンダムを覚醒させる
第三勢力の介入:宇宙世紀の亡霊(例:ラプラスプログラム勢力)の暗躍
大前提としてマチュが収監されてることとシュウジが消えたことはプロンプトにかいとけよ