Παράλληλα, με βάση τη νομοθεσία για την είσοδο και διαμονή αλλοδαπών στην Ελλάδα (άρθρο 82 του ν. 3386/2005), τηρείται και ο Εθνικός Κατάλογος Ανεπιθύμητων Αλλοδαπών (στο εξής και ΕΚΑΝΑ). Τα κριτήρια και η διαδικασία εγγραφής και διαγραφής αλλοδαπών από τον κατάλογο αυτό καθορίζονται με την υπ’ αριθμ. 4000/4/32- λα΄/5.10.2012 (ΦΕΚ Β΄ 2805/17.10.2012) απόφαση των Υπουργών Εξωτερικών, Εθνικής Άμυνας, Εσωτερικών, Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Δημοσίας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη όπως τροποποιήθηκε με την ΥΑ 400/2017 – ΥΑ 4000/4/32-ν (ΦΕΚ Β΄ 1140/31.03.2017).

Η Αρχή είναι επίσης, αρμόδια να ελέγχει τη νομιμότητα των καταχωρίσεων στον ΕΚΑΝΑ.

Στην Αρχή υποβάλλεται κάθε έτος ένας ικανός αριθμός αιτήσεων αλλοδαπών, οι οποίοι αιτούνται τη διαγραφή τους από το Σύστημα Πληροφοριών Σένγκεν και από τον ΕΚΑΝΑ (83 το 2010, 81 το 2011, 48 το 2012, 20 το 2013 και 24 το 2014, 25 το 2015, 23 το 2016, 19 το 2017, 25 το 2018 και 17 το 2019). Αντικείμενο όλων των αιτήσεων αποτελεί η διαγραφή καταχωρίσεων βάσει του άρθρου 24 του Κανονισμού 1987/2006 (SIS II).

Για τον λόγο αυτό η Αρχή έχει εκδώσει σχετικές Γνωμοδοτήσεις με σκοπό την ενιαία αντιμετώπιση των προσφυγών Σένγκεν. Το 2012 εκδόθηκε η τελευταία Γνωμοδότηση με αριθμ. 3/2012, η οποία, αντικατέστησε την παλαιότερη 3/2010. Η Γνωμοδότηση 3/2012 ερμηνεύοντας τις σχετικές διατάξεις, κατέληξε στα παρακάτω συμπεράσματα:

1. η καταχώριση αλλοδαπού τρίτης χώρας στον κατάλογο ΕΚΑΝΑ δεν συνεπάγεται αυτοδικαίως την εγγραφή στο ΣΠΣ,
2. η καταχώριση στο ΣΠΣ γίνεται εφόσον συντρέχουν οι προϋποθέσεις του άρθρου 96 της ΣΕΣΣ (νυν άρθρο 24 του Κανονισμού 1987/2006 (SIS II),
3. η δικαστική ή διοικητική απέλαση, κατ’ εφαρμογήν της εθνικής νομοθεσίας για την είσοδο και διαμονή υπηκόων τρίτων χωρών στην ελληνική επικράτεια, δικαιολογεί την καταχώριση του αλλοδαπού και στους δύο καταλόγους (ΕΚΑΝΑ και ΣΠΣ),
4. η καταδίκη αλλοδαπού από εθνικό δικαστήριο για αδίκημα, για το οποίο προβλέπεται ποινή τουλάχιστον ενός (1) έτους, συνιστά λόγο εγγραφής στο ΣΠΣ, εφόσον η πράξη αξιολογείται ότι συνιστά απειλή της δημόσιας τάξης και ασφάλειας,
5. αποχρώσες ενδείξεις για διάπραξη ή προπαρασκευαστικές ενέργειες σοβαρής αξιόποινης πράξης δικαιολογούν την εγγραφή στο ΣΠΣ, εφόσον η πράξη αξιολογείται ότι συνιστά απειλή της δημόσιας τάξης και ασφάλειας,
6. ως σοβαρές αξιόποινες πράξεις νοούνται αυτές για τις οποίες προβλέπεται ποινή φυλάκισης τουλάχιστον ενός (1) έτους και όσες αναφέρονται ρητά στη διάταξη του άρθρου 76 παρ. 1 στοιχ. α΄ του Ν. 3386/2005, δηλαδή τα εγκλήματα της προσβολής του πολιτεύματος, της προδοσίας της χώρας, τα εγκλήματα σχετικά με την εμπορία και διακίνηση ναρκωτικών, τη νομιμοποίηση εσόδων από παράνομες δραστηριότητες, τα διεθνή οικονομικά εγκλήματα, τα εγκλήματα με χρήση μέσων υψηλής τεχνολογίας, τα εγκλήματα περί το νόμισμα, τα εγκλήματα αντίστασης, αρπαγής ανηλίκου, κατά της γενετήσιας ελευθερίας και οικονομικής εκμετάλλευσης της γενετήσιας ζωής, κλοπής, απάτης, υπεξαίρεσης, εκβίασης, τοκογλυφίας, του νόμου περί μεσαζόντων, πλαστογραφίας, ψευδούς βεβαίωσης, συκοφαντικής δυσφήμισης, λαθρεμπορίας, τα εγκλήματα που αφορούν τα όπλα, τις αρχαιότητες, την προώθηση λαθρομεταναστών στο εσωτερικό της χώρας ή τη διευκόλυνση της μεταφοράς ή προώθησής τους ή της εξασφάλισης καταλύματος σε αυτούς για απόκρυψη,
7. η διοικητική απέλαση για τους λόγους που αναφέρονται στο άρθρο 76 παρ. 1 στοιχ. α΄ του Ν. 3386/2005, καθώς και για τον λόγο ότι η παρουσία ενός αλλοδαπού κρίνεται αιτιολογημένα ως επικίνδυνη για τη δημόσια τάξη ή την ασφάλεια της χώρας, δικαιολογεί την εγγραφή του αλλοδαπού στον ΕΚΑΝΑ,
8. ο αλλοδαπός διαγράφεται από το ΣΠΣ, αν παρέλθει τριετία από την καταχώριση και δεν εκδοθεί αιτιολογημένη απόφαση για την αναγκαιότητα διατήρησης της καταχώρισης.