突如出現した人類の敵「ネウロイ」に
対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。
ただし、彼らに対抗できるのは
特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。
遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、
再び結成される第501統合戦闘航空団
「ストライクウィッチーズ」、
新たな501メンバーとして「服部静夏」も加わり
ネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！
果たしてベルリンの空を
開放する事は出来るのか！？