10 marca 2010 – Podczas awaryjnego lądowania na lotniskuFrankfurcie przednie podwozie Airbusa A319 obsługującego lot Pegagus Airlines 361 przez linię Izair zapaliło się. Samolot bezpiecznie wylądował, lecz pas startowy zamknięto na trzy godziny[4]. Incydent był podobny do wypadku lotuJetBlue Airways 292.
13 stycznia 2018 – Rejs Pegasus Airlines 8622 obsługiwany przezBoeinga 737-800 podczas lądowania wTrabzon wTurcji wyjechał poza pas i zsunął się z urwiska. Chociaż nikomu nic się nie stało, silniki i brzuch samolotu zostały zniszczone[5].
5 lutego 2020 – Samolot Boeing 737-800 obsługujący rejs Pegasus Airlines 2193 rozbił się na lotnisku w Stambule. Podczas lądowania samolot wypadł z pasa startowego i rozpadł się na kilka części. W wypadku zginęły 3 osoby[6].