Bauer begynte sin publisistiske løpebane i 1835, idet han forsvarte den spekulative teologi motDavid Friedrich Strauß' evangeliekritikk.[trenger referanse] Som representant for vendrehegelianismen fikk han overdratt seg utgivelsen av annen og (og i forhold til Marheinkes fullstendig omarbeidede) utgave avGeorg Wilhelm Friedrich HegelsReligionsphilosophie.
Bauer, som var hegelianer, diskuterte blant annet forskjellene igudsoppfatning hos ulike kulturer. Fra og med 1840 utgav Bauer en lang rekke verker der han tok til orde for atJesus Kristus ikke er en historisk person, men enmyte som oppstod i ensynkretistisk kontekst.[7]
I skrifteneKritik der evangelischen Geschichte der Synoptiker (1841-42) forsøkte han å påvise at evangeliene var litterære produkter og uten historisk gehalt. Dermed ble han i 1842 nødt til å slutte i undervisninfsstillingen. Under de nærmeste påfølgende år syslet han først og fremst med profanhistorie, men gjenopptok senere til bibelkritiske forfatterskap med verk somKritik der paulinischen Briefe (1850-52) ogKritik der Evangelien und Geschichte ihres Ursprungs (1850-51), der han fornekter at Jesus eksisterte. I et senere arbeide,Christus und die Cäsaren. Der Ursprung des Christentums aus dem römischen Griechtentum (1877), fremstiller han kristendommen som et produkt avstoisismen ogFilons filosofi. Han markerte seg også med sterke antijødiske standpunkter.