Il suo nome ha una probabile derivazione daVicus (Villa) per il primo insediamento sviluppatosi con l'aggiunta di altri insediamenti facendoneCurtis (Corte) e definendone così il toponimo, che nel corso dei secoli fuVilcortex,Vilacortexia ed infineVilla Cortese.
Il ritrovamento di un sarcofago romano databile alI secolo d.C. testimonia un insediamento sul territorio fin dall'epoca romana; il sarcofago si trova ora nelMuseo Civico Guido Sutermeister di Legnano.Il primo documento nel quale il paese viene citato è un atto del1261, con cui il Prevosto ed i Canonici delConvento di San Giorgio (che si trovava dove ora sorge ilCastello Visconteo in Legnano) certificano i beni che detengono tra il fiumeOlona, Villa Cortese e laStrada Dairasca che congiungeva Legnano con Dairago.Sempre nelXIII secolo,Goffredo da Bussero nelLiber Notitiae Sanctorum Mediolani elenca un altare dedicato a san Vittore martire in loco Villa Cortese.
Una pergamena del1312 cita lafamiglia Scazzosi, potente in loco ed avente proprietà anche nelle zone limitrofe; un Ambrogio Scazzosi compare nell'elenco dei Mercanti di lana sottile con marchio e matricola, datata 9 novembre1403, abitante a Villa Cortese e dipendente dalla Pieve diOlgiate Olona, nelDucato di Milano. Soppresso daNapoleone che lo annesse aDairago, il Comune di Villa Cortese fu ripristinato dagliaustriaci, ma nuovamente abolito nel 1868 daVittorio Emanuele II con il Regio decreto 5192, che lo unì stavolta aBusto Garolfo, cittadina limitrofa e rivale. L'autonomia comunale fu infine ripristinata quasi un secolo dopo, il 13 ottobre1966.
«D'azzurro, altronco d'albero al naturale, sradicato e terrazzato di verde; ad un germoglio fogliato dello stesso nascente dalle radici del tronco. Sotto lo scudo, su lista svolazzante d'azzurro, il motto:ingenio nostro vivere. Ornamenti esteriori da Comune.»
A seguito della rinnovata autonomia del 1966, l'amministrazione comunale ebbe la necessità di dotarsi di un nuovo stemma che venne scelto a seguito di una votazione popolare svoltasi tra il 26 e il 29 settembre 1968. Venne preferito il bozzetto rappresentante un germoglio verde che nasce dalle radici di un tronco tagliato, con riferimento alla rinascita del comune autonomo dalle radici della sua storia precedente.[6]
Il collegamento con i comuni limitrofi viene effettuato tramite autolinee Movibus.Fra i primi comuni ricicloni italiani, da anni ha stabilizzato la sua raccolta differenziata attorno al 70%. Il palazzo municipale è dotato di impianto fotovoltaico per la produzione di energia elettrica e acqua calda, così pure le scuole medie ed elementari. Presso la piattaforma comunale è possibile qualsiasi tipo di smaltimento. È dotato di otto parchi pubblici attrezzati e ogni anno viene organizzata dall'amministrazione comunale la giornata della pulizia dei boschi. La tradizionale fiera si svolge alla fine di settembre, mentre i caratteristici mercatini natalizi si tengono a metà dicembre.
Il nome di Villa Cortese arriva alle cronache sportive nazionali a partire dalla stagione2006-2007, quando laMC-PietroCarnaghi, squadra di pallavolo femminile, approda dalla B2 alla B1, l'anno successivo viene promossa inA2 e nel2009 vince il playoff per accedere allaSerie A1. Nel 2010 la neo-promossa in A1 vince laCoppa Italia, cosa che ripeterà anche l'anno successivo. Nella stagione 2010-2011 debutta in Europa nellaCev Champions League, arrivando lastagione successiva sino alle semifinali. Nelle sue prime tre stagioni dicampionato la squadra raggiunge due secondi posti e un 1º posto nella regular season; conquista inoltre tre finali, sfiorando lo scudetto per un punto, nel tie-break (5º set) di Gara5 delle finaliscudetto 2011-2012.
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