Il toponimo compare per la prima volta in un documento del1188 nella formaSancta Iustina in Collo. È chiaramente un'allusione allapieve del paese, intitolata asanta Giustina di Padova ed edificata in corrispondenza di un terrapieno che forse in precedenza ospitava una fortificazione.[6][7]
Esistono anche delle ipotesi alternative che godono però di minor credito: dacollo nel senso di "pacco, involto di merce", richiamando a una dogana; daincolae "agricoltori", per cui conSanctae Justinae incolae si intendevano "gli agricoltori di Santa Giustina"; da un'errata trascrizione diSancta Justina in coelo "Santa Giustina in cielo", allusione alla resurrezione della patrona.[7]
Benché il toponimo rimandi all'era cristiana, è chiaro che il territorio fosse abitato già da prima. I segni più evidenti dell'epoca romana sono i resti dellacenturiazione, il cosiddettograticolato romano, che andò ad organizzare l'area nordorientale del territorio diPadova, città alla quale Santa Giustina in Colle restò legata anche nei secoli successivi.[8]
Dopo lacaduta dell'Impero Romano e leinvasioni barbariche, Tergola — come era anticamente noto il paese, nome rimasto al corso d'acqua che lo attraversa — assunse importanza sia per la presenza di un castello di cui fu feudataria l'omonima famiglia, sia come sede dipieve. Tuttavia, già nel1138 essa era retrocessa a filiale della pieve diSan Giorgio delle Pertiche. Sin dal1223, inoltre, risulta sede di uncomune.[8]
Al termine delsecondo conflitto mondiale, durante la ritirata delle forze di occupazione tedesca, il comune soffrì il massacro di ventiquattro suoi abitanti ed è stato per questo premiato con la medaglia d'argento al merito civile.
Lo stemma e il gonfalone sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 27 ottobre 1983.[9]
«D'argento, a due fasce ondate d'azzurro, attraversate dalla torre quadrata, diruta, di rosso, chiusa, finestrata, murata di nero, posta di tre quarti, fondata sopra la collina erbosa, di verde; al capo d'argento, alla croce di rosso. Ornamenti esteriori da Comune.»
Le fasce ondate rappresentano i fiumi Tergola e Vandura che lambiscono rispettivamente i centri di Santa Giustina in Colle e della frazione Fratte. La torre diroccata ricorda il castello medioevale andato distrutto durante le calate dei barbari.
Il gonfalone è un drappo partito di bianco e di rosso.
«Piccolo centro del padovano, durante le tragiche giornate della Guerra di Liberazione, subì una delle più feroci rappresaglie da parte delle truppe naziste, che trucidarono brutalmente ventiquattro suoi concittadini tra cui alcuni ragazzi, il parroco ed il cappellano. Ammirevole esempio di coraggio, di spirito di libertà e di amor patrio. 27 aprile 1945 / Santa Giustina in Colle (PD)» — 21 febbraio 2005[10]
Santa Giustina in Colle è uno dei comuni per il quale passa la pista ciclabile Ostiglia. Questo percorso, che attualmente copre la tratta Treviso-Campodoro per un totale di 44 km, ripercorre il tragitto ferroviario della linea che durante la seconda guerra mondiale funse da collegamento strategico militare tra Treviso ed Ostiglia. Tra gli anni 1944 e 1945 a seguito dei bombardamenti aerei fu dismessa e dal 2012 è stata riconvertita a percorso ciclabile.