Nel tempo molti nomi hanno designato questa parte dell'isola:Nuova Guinea Olandese (1895 - 1º ottobre 1962),Nuova Guinea dell'Ovest (1º ottobre1962 - 1º maggio1963),Irian Occidentale (1º maggio 1963 - 1973) eIrian Jaya (1973 - 2002). Il nome Irian Jaya, coniato dal presidenteSuharto, può essere approssimativamente tradotto in "Glorioso Irian". Piuttosto diffusa è la credenza che Irian sia unacronimo per"Ikut Republik Indonesia Anti Nederland", ossia"aggregati alla repubblica indonesiana contro gli olandesi". Alcune fonti[senza fonte] attestano però che il termine Irian fosse già usato in alcuni dialetti locali per riferirsi alla terra madre.
Bandiera non ufficiale di Papua Occidentale utilizzata dai gruppi separatisti locali
Molti abitanti dell'isola e organizzazioni internazionali si riferiscono al territorio comePapua Occidentale, che è contemporaneamente il vocabolo utilizzato dai gruppi separatisti per riferirsi all'intera parte indonesiana dell'isola e quello usato dalla provincia diPapua Barat per identificare sé stessa.
Nel1858 si svolse unaspedizione per la scoperta delle coste meridionali e settentrionali dell'isola.
La Nuova Guinea Occidentale fu annessa dall'Indonesia attraverso il controversoAtto di Libera Scelta del 1969. Durante la presidenza diSuharto, dal 1965 al 1998, la politica indonesiana fu giudicata fortemente repressiva e l'area fu trascurata dai piani di sviluppo indonesiani. L'annessione è considerata controversa da parte di molteONG, membri del Congresso degliUSA e anche da parte delle popolazioni indigene del territorio.
Da quando l'Indonesia ha preso il controllo di questa regione nel 1963, rilevandolo dal governo coloniale olandese, si stima che oltre 100 000 papuani siano morti in atti di distruzione, tortura, violenza e sparizione imputabili al governo centrale indonesiano. Una lunga campagna di pulizia etnica ha causato migliaia dirifugiati e di conseguenza i papuasi rischiano di diventare una minoranza etnica nella propria terra.[1]
Durante il periodo cosiddetto delle Riforme, dal 1998 al 2001, Papua e altre province indonesiane ricevettero una forteautonomia. Nel 2001 una legge garantì uno status di "Autonomia Speciale" a Papua, sebbene in molti aspetti questa autonomia non sia stata dovutamente sviluppata.[2][3][4]
Nel 2003 il governo indonesiano annunciò la divisione di Papua Occidentale in tre province: Papua,Irian Jaya Centrale e Irian Jaya Occidentale. La forte opposizione a questo piano di divisione creò una situazione di forte confusione dal punto di vista legale e amministrativo. In ogni caso la provincia di Irian Jaya Occidentale fu istituita ufficialmente il 6 febbraio 2003. Nel novembre 2004 un tribunale indonesiano ha sentenziato che la divisione violava le leggi sull'autonomia della provincia di Papua, tuttavia, poiché la provincia di Irian Jaya Occidentale era già stata istituita, essa doveva rimanere separata dalla provincia di Papua. Il tribunale, inoltre, ha vietato la creazione della provincia di Irian Jaya Centrale, in quanto l'istituzione di tale provincia non era stata ancora formalizzata. La divisione è in linea con la tendenza generale delle scissioni provinciali che si sta verificando in tutte le parti dell'Indonesia nell'era post-Suharto. Il 7 febbraio 2007 il nome della provincia di Irian Jaya Occidentale fu ufficialmente cambiato inPapua Occidentale.
^(EN) Halmin, Muhammad Y.,The Implementation of Special Autonomy in West Papua, Indonesia: Problems and Recommendations (Master's thesis) (abstract), NAVAL POSTGRADUATE SCHOOL MONTEREY CA, dicembre 2006, ADA462594.URL consultato il 10 gennaio 2016(archiviato dall'url originale il 2 giugno 2008).