Il club nacque nel 1º luglio1965 dalla fusione di due club professionistici, loSportclub Enschede (vincitore del campionato nel1926) e l'Enschedese Boys. I primi successi della squadra cominciano subito dopo l'unione sotto la guida dell'allenatoreKees Rijvers. Il Twente terminò terzo nel1969, quarto nel1970, quinto nel 1971 e terzo nel1972 e nel1973. La migliore stagione della squadra fu comunque quella del 1973-74 stagione in cui affrontò ilFeyenoord in una lotta serrata per la conquista del campionato fino all'ultima giornata. Ad ogni modo, il Twente alla fine della stagione si assicurò la qualificazione per laCoppa UEFA.
Da quel momento in poi per la società vivrà un periodo di declino che porterà la squadra ad abbandonare la massima divisione nel1983. Il Twente ritornò in massima divisione un anno dopo e il club si fece subito notare per l'incredibile numero di 1-1 e 0-0 che la squadra portava a casa dopo le partite; la squadra fu nota con l'appellativo "Noioso Twente" che oscurò in buona parte i risultati conseguiti in campionato come la qualificazione alle coppe europee per cinque anni consecutivi (dal 1985 al 1989).
Nel1997 sotto la guida deltedescoHans Meyer il Twente terminò il campionato guadagnandosi un posto inCoppa UEFA e il 24 maggio2001 vinse la sua seconda Coppa d'Olanda battendo in finale ilPSV per 3-1.
La stagione successiva il club uscì a sorpresa dalla Coppa contro la seconda squadra dell'Ajax; inoltre la squadra fece un mediocre campionato e una tifoseria, gliUltras Vak-P, danneggiarono l'Arke Stadion frustrati per i piazzamenti del club. La società madre, l'FC Twente '65 Corporation, dichiarò bancarotta nella stagione 2002-03 ponendo quasi fine all'esistenza della squadra. Il club comunque è sopravvissuto, ha partecipato alla finale di Coppa nazionale nel2004.
Il 2007-2008 è la stagione della rinascita: terzo, il Twente diFred Rutten batte l'Ajax nella finale del mini-torneo per andare inUEFA Champions League, qualificandosi per il terzo turno preliminare, dove sfiderà l'Arsenal. Gli inglesi si sbarazzano facilmente del Twente grazie ad una vittoria per 2-0 in Olanda e 4-0 a Londra.
Nella stagione seguente, dopo aver fallito l'accesso allaUEFA Champions League 2011-2012 (non riuscendo a superare i playoff contro ilBenfica), prende parte alla fase a gironi diUEFA Europa League 2011-2012, venendo inserito nel gruppo K conFulham,Odense eWisla Cracovia. Grazie al primo posto, con 13 punti conquistati, gli olandesi vanno ai sedicesimi di finale, dove eliminano, con una doppia vittoria per 1-0, i rumeni dellaSteaua Bucarest; nulla possono agli ottavi, invece, contro loSchalke (nonostante il trionfo del Twente in casa all’andata). Troviamo gli olandesi anche alla fase a gironi diEuropa League 2012-2013, nel gruppo L conHelsingborg,Hannover 96 eLevante, ma qui il Twente conclude con un pessimo quarto posto (soltanto 4 pareggi).
Il 18 maggio 2016 la commissione licenze dellaKNVB retrocede d'ufficio il Twente inEerste Divisie per la stagione 2016-2017. La decisione matura a seguito di irregolarità finanziarie del club e ad un accordo stretto con laDoyen Sport, che si era assicurata una percentuale sulla futura vendita dei calciatori, pratica vietata nel calcio olandese. La società presenta il ricorso e la corte d'appello gli dà ragione: il Twente rimane inEredivisie anche nella stagione2016-2017 sotto la guida diRené Hake. Nella stagione2017-2018 la squadra conclude un disastroso campionato all'ultimo posto in classifica, con soli 24 punti totalizzati ed una sola vittoria nel girone di ritorno, rimediando così la retrocessione inEerste Divisie. Nonostante ciò, il club nel frattempo ha persino eliminato l'Ajax ai calci di rigore agli ottavi di finale diCoppa d'Olanda, ed è riuscito a raggiungere le semifinali dove ha però perso contro l'AZ Alkmaar. L'annata seguente il club torna comunque nella massima serie olandese, che concluderà in 14ª posizione. Nelle stagioni seguenti il Twente si conferma una delle squadre di vertice del campionato olandese, chiudendo tra le prime 5 posizioni in più occasioni, riuscendo quindi ad ottenere anche un posto per le coppe europee; in particolare, nella stagione 23-24 si rivela la sorpresa del campionato e termina al terzo posto inclassifica, ottenendo il pass per i preliminari dellaChampions League per la prima volta dopo 13 anni. Tuttavia gli olandesi verranno eliminati dalSalisburgo al terzo turno preliminare con un totale di 4-5.
Tra il 1965 e il 1998 il Twente ha giocato le partite interne nelDiekman Stadion, impianto abbandonato nel 1998, anno dal quale gioca nelDe Grolsch Veste, che può ospitare più spettatori dell'impianto precedente.
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