Imparentati con altre famiglie nobili, come quelle deiDucas, degliAngeli e deiPaleologi, il nome dei Comneni figura tra quello delle più importanti dinastie del mondo bizantino e, infatti, proprio loro guidarono l'Impero a riacquistare vigore e potenza, tanto che gli storici hanno definito la loro epoca la "Rinascita dell'Impero".
A seguito dellaQuarta Crociata (1202–1204), l'Impero bizantino venne diviso e i Comneni fondarono l'Impero di Trebisonda, dove regnarono con il nome diMega Comneno (Μέγας Κομνηνός,Mégas Komnēnós).
La famiglia, quantunque rivendicasse una improbabile discendenza dall'imperatoreCostantino I il Grande, proveniva da un villaggiotrace nei pressi diFilippopoli: Comne (o Komne), da cui trasse il proprio nome. Nell'XI secolo, comunque, il grosso della famiglia e i suoi possedimenti si trovavano inPaflagonia, nellazona di Kastamonu (toponimo che probabilmente deriva daCastra Comneni, la cittadella all'interno dell'ampia tenuta ricevuta in dono dagli imperatori un secolo prima come premio della loro fedeltà).[1]
Caratteristiche comuni a quasi tutti i Comneni furono la forza e la capacità di comando: due dei sei Comneni che divennero imperatori,Isacco I (1005-1061) e suo nipoteAlessio I (1048-1118), erano generali dell'esercito ed entrambi presero il trono con un colpo di Stato. AncheGiovanni II (1087-1143) aveva la stoffa del generale: non sopportava il lusso e visse più della metà della sua vita nell'accampamento con i suoi soldati, impegnato nella riconquista dell'Asia Minore. I sudditi di Giovanni dicevano che la sua vita sembrava una campagna militare continua. Giovanni educò nello stesso modo anche i suoi quattro figli, cui infuse la stessa passione per la guerra; l'erede al trono,Manuele I, affrontò una guerra dopo l'altra per aumentare la potenza dell'Impero bizantino.
A Manuele successe il figlioAlessio II, un ragazzino di soli dieci anni che morì dopo soli quattro anni, fatto uccidere daAndronico I Comneno. Secondo alcune cronache, Alessio sarebbe sopravvissuto per pietà dei suoi carnefici che lo fecero fuggire. Rifugiatosi presso il sultanoselgiuchide, per tutta la vita avrebbe combattuto contro l'impero che gli era stato tolto e che lui reclamava, dimostrando così di che pasta erano fatti i Comneni.
Andronico I, l'ultimo Comneno dell'impero bizantino, fu considerato uno degli imperatori più spregevoli della storia di Bisanzio, ma non si può negare la sua forza nell'impartire ordini: con il suo esercito rovesciò Alessio II Comneno e si proclamò imperatore, ma fu odiato per le abominevoli iniquità da lui compiute. Lasciato il popolo alla fame, venne linciato dalla folla inferocita e i suoi familiari furono costretti a fuggire alla corte del regno diGeorgia.
Nel1204 un discendente di Andronico,Alessio, fondò insieme a suo fratelloDavide l'Impero di Trebisonda, che durò per 257 anni. Gli Imperatori diTrebisonda furono tutti Comneni, tranne una Cantacuzena; si fregiarono del titolo diMega Komnenos. L'ultimo Comneno Imperatore di Trebisonda fuDavide II di Trebisonda, che si arrese ai turchi nel1461, otto anni dopo la caduta diCostantinopoli. Con Trebisonda cadde l'ultimo lembo di cultura bizantina.
Con la caduta dell'Impero Romano d'Oriente, nel1453, un ramo della dinastia Comneno, gli Angelo Flavio Comneno, principi diMacedonia educhi diDurazzo, come altri membri dell'aristocrazia bizantina, si trasferirono in Italia ed in Russia. L'ultimo dei rami cadetti italiani della famiglia fu il principe Giovanni Andrea Angelo Flavio Comneno, morto nel1699, il cui nome è legato alla trasmissione delgran magistero dell'Ordine Costantiniano di San Giorgio aFrancesco Farnese,duca diParma ePiacenza, un gran magistero che viene tuttora esercitato daiBorbone delle Due Sicilie, discendenti diretti dei Farnese.