Peuplée dès l'Antiquité, ses plus anciens vestiges (le château de San Romualdo, en cours de restauration) datent de l'époque arabe. Après laReconquista, la ville fut achetée par la famillePonce de León, marquis et ducs de Cadix, qui lui donnèrent son nom d'île de León.
La ville connut sa plus grande période de prospérité avec l'arrivée desBourbons sur le trône d'Espagne, quand ceux-ci y créèrent unchantier naval militaire.
Lors de l'invasion de l'Espagne parNapoléon, la ville fut la seule avec Cadix à échapper à l'occupation des troupes françaises. En raison d'une épidémie defièvre jaune sévissant dans cette dernière, lesCortes Generales se réunirent dans l'île à partir du jusqu'au, quand elles revinrent se fixer à Cadix, et où fut proclamée la première constitution libérale de l'Espagne, diteConstitution de Cadix. Pendant cette période, laReal Villa de la Isla de León fut déclarée capitale du Royaume et un gouvernement provisoire ainsi qu'une capitainerie générale y siégèrent.
En raison de sa résistance devant les Français,Ferdinand VII lui donna son propre nom, sous la forme deSan Fernando.
La ville de San Fernando comptait 94 120 habitants aux élections municipales du. Son conseil municipal (enespagnol :Pleno del Ayuntamiento) se compose donc de 25 élus.
Du rétablissement de la démocratie, en 1979, jusqu'en 2011, à l'exception d'une mandature, elle était un château-fort desnationalistes andalous. Elle a depuis connu deux alternances au profit des deux grands partis, leParti populaire et leParti socialiste.
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