Pour l’article ayant un titre homophone, voirParaphilie.
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Ensystématique, un groupe est ditparaphylétique quand il ne rassemble pas tous les descendants d'uneespèce souche qu'il contient[1].
Contrairement à lapolyphylie, le groupe paraphylétique est fondé sur une similitude héritée d'un ancêtre commun (homologie).[réf. souhaitée] L'exclusion de certaines lignées nécessite de considérer lesétats ancestraux de certains caractères (encore appelésymplésiomorphie) par opposition à leursétats dérivés (ousynapomorphie) dans les lignées exclues.
Le groupe desreptiles (amniotes desquels ont été exclus lesoiseaux et lesmammifères) en est un exemple : lescrocodiliens, inclus dans les reptiles, sont généalogiquement plus proches desoiseaux, exclus des reptiles, que des autressauropsides (chéloniens,squamates etsphénodontiens) et les reptiles mammaliens, inclus, sont plus proches des mammifères, exclus, que des autresamniotes. L'ancêtre commun le plus proche de tous les reptiles est également l'ancêtre commun le plus proche des oiseaux et des mammifères. Le groupe des reptiles ainsi défini est donc paraphylétique.
amniotes ├─Synapsides │ ├─Mammifères │ └─Reptiles mammaliens----------| | └─Sauropsides ├─Chéloniens-------------------| │ | « Reptiles » └─Diapsides--------------------| ├─Lépidosauriens-----------| │ ├─Squamates-----------| │ └─Sphénodontiens------| │ | └─Archosauriens | ├─Crocodiliens--------| └─Oiseaux
Note : Lescrustacés, lesamphibiens ou lespoissons sont d'autres exemples de groupes paraphylétiques.
Enthéorie des graphes, on peut définir le « degré de paraphylie » d'un groupe comme étant le nombre minimum de branches qu'il faudrait retirer à un groupeholophylétique[1]. Un groupe holophylétique a donc un degré de paraphylie de zéro.
La définition traditionnelle des reptiles (sauropsides +synapsides) en fait un groupe ayant un degré de paraphylie de 2, puisqu'il faut retirer au groupe desamniotes la branche desmammifères et celle desoiseaux.
Pour lescladistes, lestaxons paraphylétiques sont inacceptables dans la classification. Au contraire pour lesévolutionnistes il n'y a aucun problème dans le fait d'accepter de telstaxons. Selon la définition qui en est donnée (voir l'articleMonophylie), la paraphylie est parfois considérée comme une forme demonophylie.
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