Bien que doté de peu de talent, il est rempli d’ambition et intrigue contre son frèreRodolpheII, alors empereur. Celui-ci, pour l’humilier, ne lui accorde ni position ni argent. Il va même jusqu'à lui refuser l'autorisation de se marier.
Alors qu'il s'apprêter à mener la guerre dans l'Empire, le roiHenri IV de France est assassiné. Sa veuve,Marie de Médicis, cousine de l'empereur et du roi d'Espagne, revient à une politique pacifiste. Elle marie son fils,Louis XIII de France à la fille aînée du roi d'EspagneAnne d'Autriche.
En 1611, la santé mentale deRodolpheII se dégradant, Matthias réussit à convaincre la famille desHabsbourg de le nommer à la tête de celle-ci et de prendre la régence de l'empire. Marchant surPrague à la tête d'une armée, il oblige son frère,RodolpheII, à lui céder par écrit laHongrie, laBohême et laMoravie.
Le de cette même année,RodolpheII abdique. Matthias lui laisse lechâteau de Prague, et lui verse une pension. L'année suivante, il est élu empereur du Saint-Empire.
Entretemps, il épouse, en 1611,Anne d'Autriche, sa cousine et petite-cousine, avec laquelle il n'a pas d'héritier.
En 1616, à la suite depogroms organisés dans certaines villes allemandes, Matthias prend fait et cause pour lesJuifs maltraités et fait décapiter les meneurs de ces émeutes.
Des rumeurs concernant la comtesseErzsébet Báthory arrivent jusqu'à ses oreilles. Il décide de la faire arrêter car celle-ci aurait fait tuer 600 jeunes filles dans le but, selon une légende postérieure, de prendre des bains dans leur sang pour conserver une beauté éternelle. Elle est enfermée jusqu'à sa mort dans son château, mais échappe à un procès du fait de sa haute noblesse.
Faute d'avoir pu engendrer un héritier, il choisit son plus proche parent, son cousinFerdinand de Styrie comme successeur et lu confie dès 1617, le trône de Bohême (dont le titulaire est un des Electeurs à l'empire). En 1618, la noblesse tchèque se révolte, prémisses de laguerre de Trente Ans. Fidèle catholique, il souhaite faire rentrer ses état dans le giron de l'Église catholique.
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance masculine depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre suit celui de l'aînesse.
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