À partir de 1930, elle dispense des cours d'archéologie orientale et d'épigraphiesumérienne etassyrienne à l'École du Louvre, jusqu'en 1960[1]. Pour assurer ses cours, elle conçoit un manuel d'initiation à l'akkadien qu'elle publie dès 1937[3].
Pendant laSeconde Guerre mondiale, elle joue un rôle important dans l'organisation de l'évacuation des objets du département des antiquités orientales du Louvre vers les châteaux deCheverny et deChambord[4].
Elle publie des articles dans différentes revues, dont une étude, parue dans laRevue d'Assyriologie en 1938, sur les maquettes de foies divinatoires découvertes àMari et queFrançois Thureau-Dangin lui avait confiées pour publication[5]. Elle les interprète comme des maquettes pédagogiques ou des aide-mémoire pour les prêtres[6].
Georges Contenau étant également directeur de laMission archéologique française en Iran, Marguerite Rutten publie deux ouvrages dans la collection éditée par cette mission[1]. DansTextes mathématiques de Suse, elle assure la copie et l'édition des textes, qui sont interprétés par le mathématicien Evert Marie Bruins[7]. Le caractère rugueux de celui-ci rend la collaboration difficile[8].
Les livres publiés par Marguerite Rutten dans la collectionQue sais-je ? et ses ouvrages sur l'art du Moyen-Orient ancien lui permettent de toucher un public plus large, au-delà du cercle des spécialistes[7]. L'historienAlfred Merlin qualifie leQue sais-je ? consacré à Babylone d'« excellent petit livre »[9], tandis que le mathématicienHenri Milloux emploie le même qualificatif à propos duQue sais-je ?La science des Chaldéens[10]. L'archéologueCharles Delvoye juge plus sévèrement son ouvrage sur Les arts du Moyen-Orient ancien :« le livre refermé, on se sent dans un état d'insatisfaction »[11].
↑RenéMouterde, « Marguerite Rutten. — Arts et styles du Moyen-Orient ancien. (Coll. Arts, styles et techniques). Paris, Larousse, 1950 »,Mélanges de l'Université Saint-Joseph,vol. 28,no 1,,p. 304–305(lire en ligne, consulté le).
↑René Taton, « Bruins (E. M.) et Rutten (M.). Textes mathématiques de Suse (Mémoires de la Mission archéologique en Iran, t. XXXIV) »,Revue d'histoire des sciences,vol. 17,no 1,,p. 63–64(lire en ligne, consulté le).