L'Empire ottoman entre en scène à partir de1538 : la Moldavie devient sa vassale. Khotyn et son gué deviennent dès lors un enjeu stratégique et le commerce périclite. Combattus par leurs propres vassaux moldaves (dont les sympathies secrètes allaient plutôt à la Pologne), les Ottomans subissent deux défaites importantes auXVIe siècle contre les forcespolonaises :en 1621 par l'hetmanJean Charles Chodkiewicz, eten 1673 parJean Sobieski. Pour éviter que cela ne se reproduise, les Turcs s'emparent de Khotyn en 1713, la détachent de la Moldavie et en font une province militaire (raya) de leur empire. Ils élèvent unemosquée dans la citadelle.
Jean Charles Chodkiewicz à la bataille de Khotyn, 1621.
En 1739, l'Empire russe envoya une armée commandée parBurckhardt de Munnich et assiégea la ville. Battus par les Turcsen 1768, les Russes réussirent à conquérir la ville un an plus tard. En 1775, Khotyn est occupée par une garnison de l'empire d'Autriche qui la restitue l'année suivante à laMoldavie.
En 1812 la moitié orientale de laMoldavie, appelée à cette occasionBessarabie, est annexée par l'Empire russe autraité de Bucarest, à l'issue de laguerre russo-turque (1806 – 1812). Khotyn devient une ville degarnison russe, lesTurcs et lesMoldaves en sont chassés, mais pour servir la garnison il faut des artisans et des commerces, la moitié des habitants sont alors desjuifs ashkénazes deGalicie. L'effondrement de l'Empire russe (guerre civile russe,1918 –1922) amena le Parlement de la Bessarabie (Sfatul Tarii) à voter le rattachement de la PremièreRépublique moldave à laRoumanie en mars1918. Mais lestroupes bolchéviques russes, poursuivant lesukrainiens indépendantistes ouanarchistes pénétrèrent dans Khotyn début 1919 et, ralliant à elles les déserteurs affamés de l'armée russe errant en ville et quelques jeunes juifs communistes issus du « Yiddischland révolutionnaire »[4] tinrent la citadelle durant deux semaines. La ville fut reprise par l'armée roumaine, et les bolchéviks pris, jugés et emprisonnés (ils furent défendus parHenri Barbusse).
Khotyn redevint soviétique de mars 1944 à décembre 1991 et se repeupla progressivement d'Ukrainiens. Elle appartient aujourd'hui à l'Ukraine indépendante et est habitée presque exclusivement par des Ukrainiens.
Nicolae Chetraru, Gheorghe Postica, « Civilizatia veche feudala din Moldova » [la civilisation féodale ancienne de Moldavie],Annales du Musée d'Histoire de la Moldavie, Chisinau, 1992 et 1995.
↑Nikolaï Théodorovitch Bougaï :K voprosu o deportatsii narodov SSSR v. 30-40-kh godakh (Sur les déportations des peuples de l'URSS dans les années 30-40), ISSSR (1989) ;Informations des rapports de Béria et de Krouglov à Staline, éd. de l'Acad. de sciences de Moldavieno 1,Chișinău, 1991 (Н.Ф. Бугай «Выселение произвести по распоряжению Берии…» О депортации населения из Молдавской ССР в 40-50- е годы – Исторические науки в Молдавии. № 1. Кишинев, 1991. 1.0), etDéportation des peuples de Biélorussie, Ukraine et Moldavie, éd. Dittmar Dahlmann et Gerhard Hirschfeld, Essen, Allemagne, 1999, p. 567-581 (Депортация народов из Украины, Белоруссии и Молдавии : Лагеря, принудительный труд и депортация. Германия. Эссен. 1999. 1.3).