Le jeune Antonio fait ses études auCollegio Romano desJésuites de Rome. À vingt ans, il reçoit un poste à la cour du papeUrbainVIII. Pendant les pontificats suivants, il sert comme vice-légat d'Urbino, puis comme gouverneur dePérouse.
En 1671, il reçoit la charge de diriger le diocèse deLecce, mais pour deux ans seulement du fait qu'il a la charge du secrétariat de laCongrégation des évêques et desréguliers.
Dès après son élection, il se déclare opposé aunépotisme qui est longtemps une des grandes plaies de l'Église ; la bulleRomanum decet Pontificem, promulguée en 1692, interdit aux papes à tout moment, de donner des propriétés, des charges ou des rentes à desparents quels qu'ils soient ; en outre, un seul de leurs parents pouvait être élevé au cardinalat. Tout au long de son pontificat, il se tient à cette règle et pas un membre de sa famille ne reçut de charge auSaint-Siège. Ainsi il refuse la pourpre à son neveu bien qu'il soit l'archevêque de Tarente. Il déclare:« Mes neveux, ce sont les pauvres », en comparant sa bienfaisance publique au népotisme de nombre de ses prédécesseurs.
En même temps, il lutte contre les pratiquessimoniaques de la chambre apostolique et, dans ce but, il introduit dans sa cour un mode de vie plus simple et moins coûteux. Il impose aux prêtres le port de lasoutane et l'accomplissement d'exercices spirituels quotidiens.
En 1693, il incite les évêques français à retirer laDéclaration des Quatre articles de 1682 relative aux « libertés gallicanes » qui a été formulée par l'Assemblée de 1682.LouisXIV de France renonça aux « propositions gallicanes », permettant ainsi au pape de reconnaître les évêques nommés par le roi depuis 1673, date de l'éclatement de l'affaire de la régale, auxquels ses prédécesseurs avaient refusé l'investiture canonique.
En 1694, il fonde la Congrégation pour la discipline et la réforme desordres réguliers dans l'intention de réformer l'Église dans le sens d'une plus grande spiritualité.
Dans lesÉtats de l'Église, il procède à plusieurs réformes et, pour une meilleure administration de la justice, il fait construire leForum Innocentianum.
En 1697, des fêtes sont organisées par le prince Jean-Baptiste Borghèse à l'occasion de son passage, alors qu'il est en route vers le port d'Anzio.Christian Reder est chargé de réaliser uneVue d'un carrousel conservé aujourd'hui à lagalerie Borghèse. Pour cette même occasion, il peint un autre tableau illustrant la visite du pape au port, conservé aumusée de Rome.
En 1699, il se prononce en faveur deBossuet dans la controverse entre ce prélat etFénelon sur l'Explication des maximes des Saints sur la vie intérieure que ce dernier a écrite pour soutenirMadame Guyon.
Il joue un rôle discret mais décisif dans le déclenchement de laGuerre de Succession d'Espagne. C'est lui qui convainc le (problème de date? le pontife étant déjà mort) le roi d'EspagneCharles II, sans enfants et à la santé très fragile, de désigner comme héritier leBourbonPhilippe de France plutôt qu'unHabsbourg, ce qui était inacceptable pour les autres puissances européennes. Le Pape espère ainsi préserver la paix en Europe[1]. Il meurt le après avoir célébré la même année le seizièmejubilé.
