Après laSeconde Guerre mondiale, il commença à collaborer avec Jerome Karle auNaval Research Laboratory àWashington, DC et travailla conjointement à obtenir son doctorat à l'université du Maryland. La combinaison de ces connaissances dans les domaines des mathématiques et de lachimie physique leur permit de s'attaquer auproblème de phase dans ladiffractométrie de rayons X. En 1953, leur monographie,Solution of the Phase Problem I. The Centrosymmetric Crystal, contenait les principales idées, parmi lesquelles la plus importante était l'introduction de méthodes statistiques.
En 1970, il rejoint le groupe decristallographie de laMedical Foundation of Buffalo dont il fut le directeur scientifique en 1972.
Herbert Hauptman est le président de l'organisation médicaleHauptman-Woodward Medical Research Institute. Il est professeur dans le département des sciences biophysiques ainsi que dans le département des sciences informatiques de l'université de Buffalo, l'université de l'État de New York.
(en)Faits saillants sur le site de lafondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — leNobel Lecture — qui détaille ses apports)