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Beneš devientmaître de conférences en sociologie à l'université Charles de Prague en 1909. Il adhère au parti progressiste tchèque deMasaryk. Il épouse, le 10 décembre 1909, Hana Vlčková. Grâce à une des tantes de son épouse, il obtient de larges moyens financiers, qui sont mis à contribution pendant laPremière Guerre mondiale.
Vouant une véritable haine à l'égard de lamonarchie austro-hongroise, il était un ardent défenseur de l'idée de laTchécoslovaquie, la réunion de laBohême, de laMoravie et de laSlovaquie, entité sans fondement historique. En effet, même si ces deux peuples parlaient des langues très proches, leurs traditions culturelles et racines historiques étaient très opposées. La Bohême, où la traditionhussite était forte, avait fait partie duSaint-Empire, mais jamais la Slovaquie, très imprégnée decatholicisme.
En1941, Beneš signe avecStaline un traité d’alliance et organise avec l’aide des Anglais l’attentat contreReinhard Heydrich,Reichsprotektor et bourreau du pays tchèque (mai 1942). Cet attentat est suivi d’une cruelle répression. L’Armée rouge occupe l’est du pays etPrague en avril et mai 1945 (offensive Prague), tandis que l’armée américaine libère l’ouest etPilsen. La restauration de l'État tchécoslovaque est proclamée, donnant naissance à la« troisième République tchécoslovaque ». Beneš est confirmé dans sa fonction deprésident de la République à ce moment par le gouvernement intérimaire présidé par le socialiste de gauche Fierlinger et réélu le 19 juin 1946.
Après l’occupation allemande et en l’absence d’un parlement élu, mais en application des décisions prises par lesAlliés à laconférence de Potsdam, il signe les « décrets Beneš » dont les plus connus concernent l’expropriation et l’expatriation forcée desAllemands des Sudètes et d'une partie desHongrois deSlovaquie, provocant ainsi un genocide des Allemands des Sudètes. L’existence de ces décrets par le biais de l’exploitation qui en est faite par les partis conservateurs deBavière et d’Autriche continue de polluer l’atmosphère des relations germano-tchèques. En l’état actuel des choses, ces décrets ont été maintenus par les gouvernements qui se sont succédé à Prague depuis 1945 et intégrés dans le corpus juridique de l’Union européenne en 1996.
Aux élections de 1946, leParti communiste tchécoslovaque obtient 38 % des suffrages, domine alors la vie politique. Son secrétaire généralKlement Gottwald devient président du Conseil. Beneš se fait beaucoup d’illusions sur ses rapports personnels avecStaline, grâce auxquels il croit pouvoir maintenir une démocratie pluraliste en Tchécoslovaquie. Il sera broyé par laguerre froide.
Gravement affaibli par une série d'attaques cérébrales[7], il laisse les communistes liquider le Parti démocrate slovaque après une violente campagne de presse : ce parti représentait en effet un véritable obstacle à la mainmise des communistes sur la Tchécoslovaquie. Après ce succès, le Parti communiste sait alors que la voie est libre pour son coup de force qui survient en février 1948.
Sous la pression deStaline, reprise par le Parti communiste, Beneš doit refuser l’aide duplan Marshall, qui aurait vraisemblablement conduit le PCT à la défaite aux élections de 1948. Aussi, le 17 février 1948, Gottwald précipite la crise par une mainmise totale des communistes sur la police, ce qui provoque la démission des ministres libéraux, avec l’encouragement de Beneš : Gottwald est aidé par le ministre de la Défense, le généralLudvík Svoboda, membre clandestin du PCT : il procède alors à des arrestations massives dans l’armée, la presse et les partis d’opposition, qui sont alors abandonnés par Beneš. C’est lecoup de Prague.
Le 25 février 1948, il accepte, sous la pression deKlement Gottwald, la démission des ministres libéraux du gouvernement de coalition démocratique et confie au Parti communiste le soin de nommer de nouveaux ministres, socio-démocrates et communistes, dans un nouveau gouvernement sous son contrôle quasi-exclusif. Le Parlement, épuré, vote la confiance au nouveau gouvernement à l’unanimité. Après des élections biaisées où seuls le PCT et ses affidés peuvent se présenter, il refuse de ratifier la nouvelle Constitution qui consacre la mainmise totale du PCT sur le pays. Il démissionne alors de son poste de président de la République le 7 juin 1948 et meurt le 3 septembre suivant.
Benès a fait preuve de beaucoup d'aveuglement devant la montée dunazisme, jusqu'en 1938, et celle ducommunisme, jusqu'en 1948. Il refusa systématiquement toute alliance ou même simple coopération entre les pays danubiens par peur de voir se reconstituer l'Autriche-Hongrie. Sa haine desHabsbourg était telle qu’elle lui fit prononcer ce mot : « Plutôt Hitler que les Habsbourg !»[8]. Ceci en dit long sur le rejet que cette dynastie avait engendré chez Beneš, mais aussi chez les Tchèques qui l’ont constamment réélu.
Il commit la même erreur à partir de 1945 : fort de l'illusion de l'amitié personnelle de Staline, il pensait que les élections anticipées qui auraient dû se tenir après la démission des ministres libéraux au moment ducoup de Prague auraient marqué un recul des communistes :« Pas trop ! Sinon Staline se fâcherait ! » croyait-il naïvement. Ce recul aurait permis un recentrage de la politique vers l'Ouest. Or, ni Gottwald ni Staline n’avaient l'intention de lâcher quoi que ce soit. Sa seconde faute fut d'encourager les libéraux dans leur projet de démission avant de les abandonner devant les menaces proférées par Gottwald et l'ambassadeur soviétiqueValerian Zorine.
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