Le gouvernement, sous la pression de laLigue de l'enseignement, dépose alors un projet de loi pour soustraire les instituteurs auxtribunaux civils et mettre à l'amende les familles qui refusent de faire suivre à leurs enfants les cours demorale laïque. La riposte de la hiérarchie catholique est immédiate : dans sa déclaration de septembre 1908, l'épiscopat français s'oppose à la nouvelle législation et réaffirme le droit de regard des familles sur l'éducation dispensée à l'école publique. Au cours des mois qui suivent, les cardinaux français — sous la direction de l'intransigeantRafael Merry del Val — travaillent à redéfinir la doctrine scolaire de l’Église de France, aboutissant en au rejet de la neutralité scolaire, à la préférence donnée à l'école libre et à la condamnation d'une quinzaine de manuels scolaires.
La crise se poursuit pendant plusieurs années, lesradicaux bataillant jusqu'en 1914 pour faire voter leurs projets de« défense laïque ». L'Union sacrée qui préside aux débuts de laPremière Guerre mondiale vient alors mettre fin aux hostilités scolaires.In fine, si l'enseignement laïque a survécu au conflit, l'école chrétienne, elle, en sort avec des effectifs grandis et bénéficie de toute l'attention de la hiérarchie catholique française. La guerre scolaire a aussi permis àPie X d'affirmer sa préséance sur l'épiscopat français, faisant plier, au moins pour un temps, legallicanisme.
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