DerSan Joaquin [ˌsæn hwɑːˈkiːn] ist mit rund 560 km nach demSacramento River der zweitlängste Fluss desUS-BundesstaatesKalifornien. Er ergießt sich im Südosten Kaliforniens, von den steilen Westhängen derSierra Nevada in die Region um die StadtFresno imSan-Joaquin-Tal und fließt dann weiter in nordwestliche Richtung, wo er sich schließlich imSacramento-San Joaquin River Delta mit demSacramento vereinigt und über dieCarquinez-Straße in die Bucht vonSan Pablo undSan Francisco fließt.
Der San Joaquin und seine NebenflüsseStanislaus River,Tuolumne River,Merced River,Calaveras River undMokelumne River haben einEinzugsgebiet von etwa 83.000 km² im kalifornischenSan Joaquin Valley.
Der San Joaquin hat drei Quellen. Der südliche Zufluss beginnt imMartha Lake(37° 5′ 39″ N,118° 44′ 18″ W37.094166666667-118.73833333333) auf einer Höhe von 3354 m. Der mittlere Zufluss beginnt imThousand Island Lake in derAnsel Adams Wilderness. Der nördliche Zufluss beginnt in einem unbenannten See (37° 43′ 33″ N,119° 14′ 37″ W37.725833333333-119.243611111113410) auf 3410 m Höhe. Alle drei Zuflüsse fließen in denMillerton Lake.
Aus derSierra Nevada kommend fließt der San Joaquin westwärts in daskalifornischeCentral Valley in die Region umFresno. Die meistenNebenflüsse treffen in diesem Tal auf den San Joaquin. Von hier aus fließt der Fluss nordwestlich in RichtungStockton, wobei er sich jedoch noch vor Stockton in mehrere Nebenarme verzweigt. Im Mündungsgebiet mit dem Sacramento River bildet der San Joaquin dasSacramento-San-Joaquin-Binnendelta.
Der San Joaquin River mündet beiAntioch in den Sacramento River. Auf dem Weg in diese Mündung liegt dasSacramento-San Joaquin River Delta (ein Binnendelta). Der Fluss verzweigt sich in zahlreicheMündungsarme, von denen derOld River und derMiddle River die größten sind.