Papin, in Frankreich meist kurz „JiPéPé“ genannt, wuchs nach der Scheidung seiner Eltern bei seiner Großmutter auf und trat im Alter von sechs Jahren einem Fußballverein bei. Einen Vorvertrag erhielt er vonUS Valenciennes, die ihn ab 1981 auf ein Fußballinternat nachVichy schickte. Bereits in seiner ersten Saison (1984/85) bei US Valenciennes in derDivision 2 erzielte derMittelstürmer 15 Tore. Danach wechselte er zumFC Brügge nachBelgien und war auch dort erfolgreicher Torschütze, häufiger noch beiOlympique Marseille, für den er von 1987/88 bis 1991/92 fünfmal in Folge zumerfolgreichsten Torschützen derDivision 1 avancierte. Er gewann mit dem Verein vier Meisterschaften und denLandespokal. 1991 wurde er außerdem mit demBallon d’Or als „Europas Fußballer des Jahres“ ausgezeichnet.
1992 verließ er Frankreich und wechselte nachItalien zum MeisterAC Mailand. Zwei Jahre blieb er dort und gewann jeweils die Meisterschaft. Im Mai 1993 traf er beimChampions-League-Finale imMünchner Olympiastadion auf seinen ehemaligen Verein Olympique Marseille, wurde aber erst in der zweiten Halbzeit eingewechselt und konnte die 0:1-Niederlage gegen die ehemaligen Mannschaftskameraden auch nicht mehr abwenden. In derFolgesaison konnte die AC Mailand dann den Champions-League-Titel gewinnen. Papin kam zwar beim Endspiel inAthen nicht zum Einsatz, hatte aber mit drei Toren im gesamten Wettbewerb seinen Teil zum Erfolg beigetragen. Im Sommer des Jahres 1994 zog er weiter in dieBundesliga zum MeisterFC Bayern München, bei dem er zusammen mit dem BulgarenEmil Kostadinov den Sturm verstärken sollte. Er gab seinen Einstand am 20. August 1994 (1. Spieltag) beim 3:1-Sieg im Heimspiel gegen denVfL Bochum; sein erstes Tor erzielte er am 12. November 1994 (13. Spieltag) sechs Minuten nach seiner Einwechslung beim 2:0-Sieg im Heimspiel gegen denFC Schalke 04. In der Folgesaison kam er auf 20 Ligaeinsätze und erzielte zwei Tore. Sein Treffer zum 1:0 beim 2:0-Bundesligasieg im Olympiastadion gegenKFC Uerdingen 05 im August 1995 wurde zumTor des Monats erkoren. Des Weiteren kam er zu drei Einsätzen imDFB-Pokal und neun in den europäischen Pokalwettbewerben. Höhepunkt war derGewinn desUEFA-Pokals 1996 in zwei Endspielen gegenGirondins Bordeaux. Seinen Zenit hatte er da allerdings schon überschritten, und so wurde er auch nicht mehr für dieFußball-Europameisterschaft 1996 inEngland nominiert.
Danach spielte er noch zwei Jahre beim französischen Erstligisten Girondins Bordeaux sowie ein Jahr in derDivision 2 beiEA Guingamp. Von Januar bis Dezember 1999 war er für dieJS Saint-Pierroise aufRéunion aktiv und wechselte 2004 alsSpielertrainer zumFC Bassin d’Arcachon, für den er bis 2006 arbeitete.
Im Januar 2009 wurde bekannt, dass der 45-Jährige bei derAS Facture Biganos Boïen, einem unterklassigen Amateurverein inFrankreichs Südwesten, wieder als Spieler aktiv werden wolle; er habe dort seine Spielberechtigung unterzeichnet, gab der Präsident des Vereins bekannt. Papins Comeback sei „aus Freundschaft zu unserem TrainerThierry Castets“ erfolgt.[2]
Papin wurde zwischen Februar 1986 und Januar 1995 54-mal in dieÉquipe Tricolore berufen und erzielte dort 30 Tore; in elf Begegnungen war er derenMannschaftskapitän. Er debütierte am 26. Februar 1986 in Paris in einem Test-Länderspiel gegenNordirland, das torlos endete. Sein erstes Länderspieltor, erzielt am 1. Juni 1986 inLeón im ersten WM-Gruppenspiel, war zugleich der 1:0-Siegtreffer gegenKanada.
Papin ist nach seiner aktiven Zeit dem Fußballsport als Trainer treu geblieben. Von 2004 bis 2006 betreute er in dieser neuen Rolle den FünftdivisionärFC Bassin d’Arcachon. In der Spielzeit 2006/07 trainierte er denErstligaabsteigerRacing Strasbourg und schaffte mit denElsässern prompt den Wiederaufstieg in die höchste Spielklasse. Dennoch wurde sein Vertragsverhältnis auf derMeinau im Juni 2007 vorzeitig beendet. Von August 2007 bis Mai 2008 war er Nachfolger des zurückgetretenenGuy Roux beiRacing Lens, der am Saisonende aus der Ligue1 absteigen musste.
Ab dem 29. Dezember 2009 trainierte er den ZweitligistenLB Châteauroux; nachdem die Mannschaft im Sommer 2010 als Tabellen-16. nur knapp dem Abstieg entgangen war, wurde Papins Vertrag nicht verlängert. Seit September 2014 ist er Vorsitzender der für denLandespokal zuständigen Verbandskommission.[3]