我觉得无解

「アサガオ」是最无解的,直觉告诉我要是翻译成「牵牛」几乎一定会引起争议,虽然道理都懂。
要么就无视日语,反正学术上日语植物名也都得写成片假名

到头来一定是直接按日文原字写反而争议最小。我最常举的例子是「朝比奈みくる」,没人会问为什么要翻译成「实玖瑠」这种拗口又难写的名字,却不翻译成「未来」。外语嘛,半懂不懂最好(
我去做了点微小的考据:
马利筋传入中国和日本的时间都比较晚。1844年美国汉学家卫三畏(Samuel W. Williams)的汉英词典有「马利筋」词条,这是我找到最早的记录。清代植物学非常重要的《植物名实图考》是1848年出版的,我还没有去查,不知道有没有马利筋。
网上是怎么也找不到命名由来的,但我觉得不像是汉语。我翻了一下维基百科的其他语言链接,孟加拉语是管马利筋叫「morica phul(直译似乎是『胡椒花』)」的,我总感觉「morica」(源于梵语marica,读如「马利加」)和「马利筋」颇为相似……韩语似乎叫「金冠花(금관화)」,但我无力考据来源了。
至于日语为啥叫「唐綿」,维基百科说是因为种子冠毛似棉,而日本又有把舶来品冠以「唐」的传统……
「ツバキ」和「サザンカ」这个就真的无解了

「椿」字在汉语中从来没有表示过山茶属植物,山茶的汉语固有名就是山茶……但日本是向来记着「漢名」的 ,词典也能查到ツバキ的汉名就是「山茶」。
而日语的训读其实很随意,只要能自圆其说就行了。日语也是取「春、木」之意拿「椿」当成ツバキ的汉字。而其实写作「山茶」读作「ツバキ」也是可以的。
更让我感到随意的是,我查到《太平广记》有一句「山茶似海石榴」,然后随手Google一搜,结果发现日语中「海石榴」正是读作「ツバキ」……是山茶的别名。
而「茶梅」也是在维基百科里明确说是サザンカ的汉名了,这个倒是音读「チャバイ」。所以直接译成「茶梅」没问题。
「オニユリ」我觉得遵循汉语叫「卷丹」就好。
「キブシ」,写成「木五倍子」也是训读,「フシ」源于「附子」的音读。所以如果要遵循原文的话,叫「木附子」也未尝不可。日语「キブシ」是得名于拿它作为附子染色的替代品,而汉语中「五倍子」又叫「木附子」……我已经晕了。
另外,「ハギ」的汉名是「胡枝子」。「萩」在汉语中指的是蒿类。