时长: / 首播:2012-06-24
脚本：岡田麿里　絵コンテ：河森正治、山本裕介　演出：米田和博
作画監督：丸藤広貴、石田可奈　作画監督補佐：千羽由利子、吉川真帆、ジミー・ストーン

アマタたちの前にミカゲが操る「黒いアクエリオン」が、その姿を現わす。
ミカゲの心の迷宮に閉じ込められたカグラは、そこで囚われたゼシカに遭遇する。ゼシカは、ミカゲの暴走を止めるため、自分を殺して欲しいとカグラに懇願するのであった――。
一方、ミカゲの乗る「黒いアクエリオン」の圧倒的なパワーに、アクエリオンEVOL一機では全く為す術がない。最大のピンチを前に、アマタ、アンディ、カイエン、ユノハらエレメントたちが集結。持てる力をすべてを発揮する――。
２万年と４千年前より続く神話の結末がついに紡がれる･･････。