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一开始就是研究“盖塔射线”的著名学者早乙女博士在一个暴雨之夜被害，而凶手竟被认定是流龙马！早乙女博士的孩子——早乙女元气因为目睹博士被害而受到刺激，导致进入自闭的状态，被车弁庆收养。三年后，又是一个暴雨之夜，巴武藏与车弁庆驾驶的负责运送神秘货物的货车遭到了INVADER的袭击。情急之下，巴武藏驾驶隐藏在车内的盖塔-3出击，却遭到新型盖塔的攻击，车内的一个容器（里面似乎是浸泡在培养液里的人）被夺走。然后，新型的盖塔机展开恶魔般的蝙蝠翅膀，飞入夜空……（不用多说，大家都知道那就是真盖塔。）二人只得眼睁睁的看着重要物品被抢……与此同时，神隼人与敷岛博士也受到INVADER的袭击，但神隼人凭借盖塔-2护送博士平安离开。 　　

在早乙女研究所附近，大量量产型的盖塔G集结，而领导者居然是应该三年前就死了的早乙女博士！军方释放了本被判处终身监禁的流龙马，仅驾驶旧盖塔-1迎战。凭借娴熟的战技，龙马尽情发泄着胸中的怒火，众多盖塔G纷纷倒下。但是，异常现象出现了……